Establishment and genetic characterization of zebrafish RW line
Notice bibliographique
Résumé
Zebrafish have emerged as an alternative vertebrate model for both basic and applied science. While two zebrafish lines, AB and TU, have been extensively used, recent studies suggest that complex behaviors and susceptibility to adult phenotypes vary among lines. Given the increasing demand across diverse research fields, establishing a phylogenetically distinct wild-type zebrafish line without deleterious genetic variants would greatly benefit the research community. In this study, we documented the establishment of the RIKEN Wild-type (RW) line and conducted comparative genome analyses to investigate the genetic characteristics of various wild-type zebrafish lines such as AB, TU, TL, WIK, SAT, NHGRI-1, PET, *AB, IND, M-AB and IM with a particular focus on the genetic characterization of the RW line. We identified numerous genetic variants in each line that may affect coding proteins, some of which are unique to each line, conferring specific genetic traits. Notably, the RW line was found to carry such genetic variants in 13 genes. Furthermore, our phylogenetic analysis revealed that the RW line is genetically distinct from other commonly used lines. Collectively, the RW line is a robust zebrafish line with excellent breeding characteristics, making it valuable for studies exploring genetic diversity and line-specific traits within the species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».