A TATA-box-binding protein binds single-stranded DNA in two modes: To poly(G) tracts and to flexible DNA regions
Notice bibliographique
Résumé
The TATA-box-binding protein (TBP) homolog from Giardia intestinalis (gTBP) is highly divergent, lacking key phenylalanine residues crucial for binding and unwinding double-stranded DNA. Surprisingly, we determined that gTBP exhibits unconventional DNA-binding properties and preferentially binds to single-stranded DNA (ssDNA) using a DNA-binding pocket that is narrower relative to other eukaryotic TBPs. Additionally, we showed that gTBP binds in two distinct modes, which we call the A and B modes, that are dependent on ssDNA sequence and protein concentration. For the A mode, gTBP binds as an oligomer to ssDNA that contains four or more consecutive guanine bases. For the B mode, using base stacking energy potentials between adjacent dinucleotides as a simple proxy for per-nucleotide flexibility, gTBP binds as a monomer to ssDNA in a manner that is dependent on DNA structural properties. To validate the latter concept, we designed de novo DNA sequences with base stacking energy profiles comparable to two DNA sequences that bind gTBP and showed that these designed sequences can compete for gTBP binding against the two original sequences. Overall, we present a potential new perspective on eukaryotic transcription regulation based on our findings around unconventional gTBP-ssDNA binding. A comprehensive understanding of the binding modes of gTBP could yield insights into Giardia's biology and eukaryotic transcription in general.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».