Expert recommendations to standardize transcriptomic analysis in inflammatory bowel disease clinical trials
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND AND AIMS: Substantial methodological and reporting heterogeneity confounds the interpretation and generalizability of transcriptomic data for inflammatory bowel disease (IBD) studies. We aimed to develop recommendations to standardize transcriptomic research in clinical trials. METHODS: A 2-part study was undertaken. A systematic review identified reports of transcriptomic analyses utilizing samples from IBD clinical trials. Studies that used global RNA assay platforms were included. Data regarding study design, methodological approaches, and reporting of transcriptomic research were extracted. The systematic review results informed a modified Research and Development/University of California Los Angeles appropriateness methodology process and the development of survey statements focused on topics with substantial methodological heterogeneity. A panel of 16 IBD translational researchers and gastroenterologists rated the appropriateness of survey statements in 2 rounds. RESULTS: The systematic review identified 37 reports that included transcriptomic analyses of samples from IBD patients. The appropriateness of 416 statements was rated by 15 panellists in the first survey. The final survey included 305 statements, of which 14 panellists rated 75% appropriate, 1% inappropriate, and 24% uncertain. The panel determined that transcriptomic analysis for multiple research objectives was appropriate at most phases of clinical development in patients with active disease. Recommendations regarding study sample size; biopsy number, location, preservation, and storage; and data analysis and reporting were also generated. CONCLUSION: The persistence of existing methodologic heterogeneity may continue to limit the value of transcriptomic research in IBD. This study provides expert recommendations to address and overcome these discrepancies and foster the inclusion of this research in clinical development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,663 | 0,839 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,007 | 0,015 |
| Bibliométrie | 0,019 | 0,017 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,012 |
| Communication savante | 0,015 | 0,020 |
| Science ouverte | 0,017 | 0,012 |
| Intégrité de la recherche | 0,025 | 0,022 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».