A genome-wide association study on rumination time in first-lactation dairy cattle
Notice bibliographique
Résumé
Rumination time (RT) in dairy cattle is a crucial indicator of health, production, reproduction, and greenhouse gas emissions. With moderate heritability estimates for RT, there is potential for further analyses regarding the genetic architecture of the trait. To identify genomic regions associated with RT, we conducted a GWAS on SNPs in a cohort of 452 mid-first-lactation Canadian Holstein cows, followed by the annotation of genes and enrichment analyses of QTL. Animals were genotyped using a medium-density SNP panel (50K). Quality control measures were used to remove markers residing on nonautosomal chromosomes or with minor allele frequencies <5%, and SNP or animals with call rates lower than 90%. The SNP effects were estimated using single-step GBLUP. Significant markers were identified using a chromosome-wise modified Bonferroni correction, based on the expected number of independent chromosome segments. We identified 35 SNPs significantly associated with RT, mapping 34 genes within a 50-kbp interval up and downstream from these SNPs. Additionally, 19 QTL were found enriched in these genomic regions. Notably, genes such as ATP2B4, LDB3, WARS2, and PTPRO were identified, suggesting potential links to muscle fiber activity and milk solids percentage. The enriched QTL were associated with traits related to fat and protein synthesis and deposition in both milk and muscle tissues. Gene Ontology analysis highlighted terms related to muscle contraction and neuronal communication, consistent with the physiological processes underlying RT. Our findings offer new insights into the genetic architecture of RT, advancing the understanding of the physiological mechanisms governing this complex trait.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».