Characterization of airborne bacterial diversity in conventional hen houses, enriched colonies and aviaries, and link between possible bioaerosol sources
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Canada's transition toward alternative housing systems for laying hens may have an impact on bioaerosol content and concentrations in those environments. This project aimed to characterize the airborne bacterial diversity in six conventional hen houses, six enriched colonies and six aviaries. The bacterial diversity found in bioaerosols was also compared to the diversity found in feces or litter samples from each corresponding housing type to investigate similarities between possible bioaerosol sources and bioaerosols. RESULTS: ) and CHAO1 indexes were higher in air samples from conventional hen houses and enriched colonies, compared to their corresponding fecal or litter samples, which was not the case for aviaries samples. No significant differences were found between the Shannon and inverse Simpson (InvSimpson) indexes of air samples, compared to their corresponding fecal or litter samples. Firmicutes were the dominant phyla in all samples, followed by Actinobacteria. Dominant genera were Lactobacillus, unclassified Lanchnospiraceae, unclassified Actinomycetales, unclassified Clostridales and unclassified Ruminococcaceae. OTUs (Operational Taxonomic Units) were associated with hen microbiota and gut microbiota, and soil. Homogeneity of molecular variance analyses (HOMOVA) revealed significant differences between air samples from aviaries, compared to air samples from conventional and enriched cage houses. Significant differences were found between air and fecal or litter samples from conventional hen houses and enriched colonies, but not among aviary samples. CONCLUSIONS: Findings highlight the effects of housing types on airborne bacterial diversity, and similarities in bacterial diversity between air and fecal or litter samples from three types of husbandry. Most dominant OTUs were shared across all samples, but were different in proportions, which may account for the differences in alpha and beta diversities. The overlap in bacterial diversities between air and litter samples collected in aviaries brings out the contribution of litter to ambient bioaerosols.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».