BASys2: a next-generation bacterial genome annotation system
Notice bibliographique
Résumé
Originally released in 2005, BASys (Bacterial Annotation System) was one of the first web servers to support online bacterial genome annotation and interactive genomic display. Over the past 20 years, web technologies and annotation algorithms have advanced considerably. To keep current with these advances and changing needs of microbial genomics, we have developed BASys2 (Bacterial Annotation System 2.0). BASys2 represents a significant upgrade to BASys, offering much more rapid (up to 8000× faster) and far more complete (2× as many data fields) genome annotation with significantly improved genome visualization capabilities. More specifically, BASys2 reduces annotation time from 24 h to as little as 10 s through a fast genome-matching and a novel annotation transfer strategy. Accepting either FASTA or FASTQ files, BASys2 is able to generate up to 62 annotation fields per gene/protein, leveraging over 30 bioinformatics tools and 10 different databases. Among the more unique features of BASys2 is its extensive support for whole metabolome annotation and complete structural proteome generation. BASys2's new interactive genome viewer allows rapid, dynamic visualization of complete bacterial genome maps with options to display/hide multiple concentric annotation tracks, show/remove color-coded legends, manipulate the genome map, and select/view individual gene and metabolite annotations. Available as a web server, a desktop viewer application, and a locally installable Docker image, BASys2 allows researchers to achieve unprecedented annotation depth and to easily upload, download, and display these rich genome/metabolome annotations. The BASys2 web server is freely accessible at https://basys2.ca.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,032 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».