Ziang Zhang, Patrick E. Brown, Meredith Franklin, and Samuel Perreault's contribution to the Discussion of ‘Methods for estimating the exposure–response curve to inform the new safety standards for fine particulate matter’ by Cork et al.
Notice bibliographique
Résumé
We would like to congratulate the authors on their commendable work investigating various exposure–response curve (ERC) estimation methods under different data-generating mechanisms. Simulations show that for the most part the design-based methods from the causal inference framework outperform their regression-based counterparts, although when the true ERC exhibits sub-linear behaviour (e.g. μsublinear,int) the design-based entropy-GAM performs worse than the original regression splines. The authors conjecture that this exception may stem from an insufficient number of knots placed in the low-exposure region. Regression splines are unpenalized smoothers, where the balance between flexibility and overfitting is managed though the number and placement of knots. Penalized methods manage this trade-off using an estimated smoothing parameter that penalizes basis function coefficients, typically with a quadratic penalty (see Green & Silverman, 1994). As the number of bases increases, penalized splines converge to an Integrated Wiener process, a specific type of Gaussian process (IWP, see Zhang et al., 2024). We repeat the authors’ simulations of GAM and entropy-GAM models using three different smoothing specifications: (1) a penalized regression spline with four basis functions (what authors present); (2) an unpenalized regression spline with four basis functions; and (3) an approximation to a continuous IWP with 100 penalized basis functions. Smoothing parameters were estimated with maximum likelihood. Results are in Figure 1, showing absolute bias and root mean square error in Figures 1a and 1b respectively. Figure 2 from the original manuscript with additional smoothing models: penalized cubic splines with k=4 (leftmost symbols, red); unpenalized regression splines with k=4 (centre, green); and an approximated IWP with k=100 (right, blue). Shown are absolute bias (a) and root mean square error (b). Contrary to the authors’ conjecture, the poor performance of the entropy-based GAM is not caused by the placement of knots. The unpenalized regression splines shown as green symbols are in most cases a modest improvement on the two penalized models, while the 100 basis function penalized model in blue is comparable to (and in some cases slightly better than) the four basis function penalized model in red. Four basis functions appear to be sufficient and penalizing is unnecessary, although the true ERC used to simulate the data is very smooth and different results would be expected when the underlying ERC is rougher. Also, in Perreault et al. (2024), we found that prediction intervals and coverage probabilities can be highly sensitive to the smoothing method, even when point predictions are not. Are the authors advocating for regression splines with a modest number of knots as the preferred method for ERC estimation in air pollution studies? Relative to the other types of model assumptions (i.e. independent observations, accurate exposure assessment) is limiting the curvature of the ERC a minor concern? Are there circumstances where a more flexible model with a principled choice of smoothing parameter is warranted?
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,020 | 0,124 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,003 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,013 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».