Epidemiological and genomic characterisation of an outbreak of Streptococcus pyogenes emm5.23
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: This retrospective cross-sectional study examined the epidemiology, clinical presentations, and genomics of Streptococcus pyogenes genotype emm5.23, linked to severe outcomes in Scotland. METHODS: Between 2014 and 2022, 58 cases of invasive Group A Streptococcus (iGAS) disease associated with emm5.23 were reported in Scotland. Surveillance data from 45 cases were analysed for clinical characteristics and risk factors. Whole-genome sequencing (WGS) included all available emm5.23 strains from Scotland (n=58), a subset from England (n=29), and emm5 strains of non-5.23 subtypes from Scotland (n=10), England (n=2), and Canada (n=1). RESULTS: Nearly all cases (96%, 43/45) were hospitalised, of whom 33% (15/45) required intensive care and 20% (9/45) died with iGAS. The most common presentations were bacteraemia (51%, 23/45) and pneumonia (24%, 11/45). WGS identified an emerging emm5.23 clade in Scotland, encompassing most isolates, which shared highly similar genomes and three non-synonymous polymorphisms. CONCLUSIONS: Although genomic traits known to increase GAS virulence potential were not found, polymorphisms that may affect the emm5.23 phenotype were detected. This suggests this emm5.23 genotype was transiently successful rather than hypervirulent, with low population-level immunity contributing to its spread. This study emphasises the need for integration of real-time genomic data in public health surveillance to enhance source attribution and guide interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».