B-cell immune repertoire sequencing in tobacco cigarette smoking, vaping, and chronic obstructive pulmonary disease in the COPDGene cohort
Notice bibliographique
Résumé
Rationale: Cigarette smoking (CS) impairs B-cell function and antibody production, increasing infection risk. The impact of e-cigarette use ('vaping') and combined CS and vaping ('dual-use') on B-cell activity is unclear. Objective: To examine B-cell receptor sequencing (BCR-seq) profiles associated with CS, vaping, and dual-use. Methods: BCR-seq was performed on blood RNA samples from 234 participants in the COPDGene study. We assessed multivariable associations of B-cell function measures (immunoglobulin heavy chain (IGH) subclass expression and usage, class-switching, V allele usage, and clonal expansion) with CS, vaping, and dual-use. We adjusted for multiple comparisons using the Benjamini-Hochberg method, identifying significant associations at 5% FDR and suggestive associations at 10% FDR. Results: Among 234 non-Hispanic white (NHW) and African American (AA) participants, CS and dual-use were significantly positively associated with increased secretory IgA production, with dual-use showing the strongest associations. Dual-use was positively associated with class switching and B-cell clonal expansion, indicating increased B-cell activation, with similar trends in those only smoking or only vaping. The IGHV5-51*01 allele was increased in dual users. Conclusions: CS and vaping additively enhance B-cell activation, most notably in dual-users. CS and vaping are significantly associated to multiple alterations in B-cell function including increased class switching, clonal expansion, and a shift towards IgA-producing cell populations. These changes could be relevant to response to infection and vaccinations and merit further study.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».