DNA methylation patterns linked to salinity and geography in the American eel ( <i>Anguilla rostrata</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The panmictic American eel (Anguilla rostrata) displays a wide range of intraspecific phenotypic variation as well as geographical sex bias and differential recruitment. By definition, panmictic species lack genetic structure, thus local adaptation through genetic variation cannot explain the presence of intraspecific variation. As a result, the contrasting phenotypes observed in the American eel could be attributed to either spatially varying selection, phenotypic plasticity (often mediated through epigenetic changes), or the interaction of both processes. Here we explore, for the first time, the role of DNA methylation in acclimatization in a panmictic species, the American eel, as well as its association with salinity and geography in Northeastern Canada. Using whole genome bisulfite sequencing in 72 individuals, we found that DNA methylation patterns were associated with geography and to a lesser degree with salinity. We identified a genomic region with differential methylation associated with salinity that falls inside the SOCS2 gene, which has been previously linked to salinity differences in other fish species, as well as to metabolism and somatic growth regulation. This study advances our understanding of how panmictic species or populations with high gene flow acclimatize to variable environments in the absence of heritable genetic local adaptation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».