Mutant alleles of the <i>Caenorhabditis elegans rde-1</i> gene identified through chemical mutagenesis of an snRNA misprocessing reporter
Notice bibliographique
Résumé
The processing of small nuclear RNA post transcription involves endolytic cleavage of a 3' tail to produce a mature transcript that is incorporated into the spliceosome to regulate RNA splicing. We previously reported in the Caenorhabditis elegans model several novel genetic regulators including those functioning in RNAi processing to be required for snRNA cleavage through a genome-wide RNAi screen using an in vivo snRNA misprocessing reporter. Here, we conducted a forward genetic screen using the mutagen ethyl methanesulfonate to screen for viable mutants that exhibit constitutive snRNA misprocessing. This screen generated three new recessive rde-1 mutant alleles (cww1, cww4, cww9) identified via WGS SNP mapping, which encode the primary Argonaute protein involved in the processing of exogenous RNAi. The three rde-1 alleles failed to complement each other and rde-1(cww1) which contains a premature stop codon in exon 3 also failed to be complemented by the classic rde-1(ne219) allele. We show that the three rde-1 mutants display a varying degree of snRNA misprocessing reporter activation, but are all fully resistant to various RNAi that are known to cause larval arrest or an abnormal vulva phenotype. Thus, the screen has reinforced a connection between RNAi processing and snRNA cleavage and generated mutants that are useful for future studies of the rde-1 Argonaute gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».