Structures of RNA phosphotransferase Tpt1 reveal distinct binding modes for an RNA 2′-PO<sub>4</sub>splice junction versus a 5′-PO<sub>4</sub>mononucleotide
Notice bibliographique
Résumé
Tpt1 is a widely distributed enzyme that removes an internal RNA 2′-phosphate by transfer to NAD + , via a two-step reaction in which: (i) the RNA 2′-PO 4 attacks NAD + to form an RNA-2′-phospho-(ADP-ribose) intermediate and expel nicotinamide; and (ii) the ADP-ribose O2″ attacks the RNA 2′-phosphodiester to form 2′-OH RNA and ADP-ribose-1″,2″-cyclic phosphate products. Tpt1 can also execute a single-step ADP-ribosyltransferase reaction at a 5′-monophosphate nucleic acid terminus that installs a 5′-phospho-ADP-ribose cap structure. Here we present crystal structures of Tpt1 bound to an RNA containing an internal 2′-PO 4 mark (the substrate for the canonical Tpt1 pathway) and in a complex with 5′-AMP. We find that Tpt1 has distinct binding modes, whereby the RNA 2′-PO 4 and the AMP 5′-PO 4 are engaged by the same set of active site amino acids, but the 2′-PO 4 nucleoside and the 5′-nucleoside occupy different sites on the enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».