Evidence of Coxiella burnetii and Bartonella species infections among patients with persistent febrile illness in four low- and middle-income countries
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: This study investigated whether infections due to Coxiella burnetii, Bartonella species or Tropheryma whipplei could be identified among biobanked samples associated with persistent fever in four low- or middle-income countries. METHODS: The NIDIAG consortium ("Better DIAGnosis of Neglected Infectious Diseases") prospectively investigated in 2013-2014 the aetiological spectrum of 1922 patients with persistent febrile illness (fever greater than 7 days) in Cambodia, Nepal, Sudan, and the Democratic Republic of Congo (DRC). Our study retrospectively tested serum and blood samples from the 745 patients (38.8%) who remained without an identified cause of fever. Indirect immunofluorescent antibody assays (IFA) were performed (except in the DRC) to assess immunoglobulin response to C. burnetii and Bartonella antigens. DNA extracts from whole blood samples were tested for C. burnetii, Bartonella genus, B. quintana, B. henselae and T. whipplei by qPCR. RESULTS: Evidence of infection with C. burnetii or Bartonella sp. was found in 124 persistent fever cases (16.6%). IFA for IgG to C. burnetii phase I and II antigens identified 59 (7.9%) positive sera: 31/333 (9.3%) from Sudan, 16/278 (5.8%) from Nepal, and 12/54 (22.2%) from Cambodia. Eight individuals had C. burnetii anti-phase I IgG titres ≥ 1:800. Bartonella IFA identified 60 (8.1%) IgG positive sera, with 49/278 (17.6%) positive samples from Nepal, 7/333 (2.1%) from Sudan and 4/54 (7.4%) from Cambodia. One serum from Sudan had anti-Bartonella IgG titres of 1:800. C. burnetii DNA was detected from blood in 3 individuals from Sudan and one individual from the DRC, whereas B. quintana DNA was present in a blood sample from a Nepalese individual. All qPCR tests for T. whipplei were negative. DISCUSSION: Direct and indirect evidence of C. burnetii or Bartonella sp. infections was observed in persistent fever cases. Further studies are necessary to elucidate the burden of these diseases in low- or middle-income countries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».