Development of a Translation Elongation Factor 1-Alpha (TEF)–Based TaqMan qPCR Assay for <i>Diaporthe humulicola</i> , the Causal Agent of Halo Blight of Hop
Notice bibliographique
Résumé
Halo blight of hop, caused by Diaporthe humulicola, was first described in 2018 and is a major concern for growers in the eastern United States and Canada. This pathogen can cause quality and yield losses by desiccating hop cones, leading to shatter. However, traditional disease diagnosis is time-consuming, with morphological features taking up to 30 days to develop in culture. To address this issue, a quantitative PCR (qPCR) assay based on the translation elongation factor 1-alpha (TEF) gene was developed. We assessed capabilities and limitations of this assay for detection of D. humulicola in plant tissue and investigated aspects of the disease through (i) testing of hop rhizomes for the presence of fungal pathogens, (ii) determining the time required to detect D. humulicola in detached hop leaves, and (iii) comparing plating methods with the qPCR assay to monitor D. humulicola in a hop yard. The limit of detection for the assay was 100 fg/μl of DNA. The assay showed no cross-reactivity with other hop pathogens, endophytes, or other Diaporthe species tested. Detection of D. humulicola occurred 1 day after inoculation. The assay detected D. humulicola in both asymptomatic and symptomatic rhizome tissue, but further investigation is required to determine the cause of the observed symptoms. The assay successfully detected the pathogen in individual hop cones and inflorescences throughout the season, with higher positive identification rates than culture-based assays. This assay will provide time-limited diagnosticians with a tool for the detection of D. humulicola.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».