The small membrane protein YohP induces membrane depolarization and ppGpp accumulation in <i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Summary Small membrane proteins represent an abundant and ubiquitous class of proteins that are often up-regulated when cells encounter unfavorable conditions, yet details about their exact function are largely missing. In bacteria, these proteins consist of typically less than 50 amino acids and contain a single transmembrane domain, but lack any detectable catalytic activity. Thus, the benefit of producing these proteins during stress conditions is unknown. In the current study we used a multidisciplinary approach to determine the function of the 27 amino acid long protein YohP in E. coli . Our proteomics approach revealed that YohP production leads to an up-regulation of proteins involved in membrane protection and to a down-regulation of many enzymes involved in key metabolic processes, such as nucleotide biosynthesis. Further biochemical characterizations revealed increased cardiolipin content in the membrane, a partial dissipation of the membrane potential and reduced membrane fluidity in YohP-containing membranes. Finally, our data show that YohP production induces the stringent response and leads to elevated levels of (p)ppGpp. Overall, our data indicate that the YohP-induced proteome and membrane changes initiate a state of metabolic silencing that protects E. coli against stress and helps to conserve cellular resources.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».