Telomere to telomere flax (<i>Linum usitatissimum</i> L.) genome assembly unlocks insights beyond fatty acid metabolism pathways
Notice bibliographique
Résumé
Abstract One of China’s most important resources is flax (Linum usitatissimum L.), an ancient crop with significant nutritional and therapeutic benefits. Despite its importance, existing flax reference genomes remain incomplete, with many unassembled sequences. Here, we report a gapless 482.51 Mb telomere-to-telomere (T2T) flax genome assembly, predicting 46 634 genes, of which 42 805 were functionally annotated. Repetitive sequences constitute 60.05% of the genome, and we identified 30 telomeres and 15 centromeres across the chromosomes. Whole-genome duplication (WGD) events were detected at approximately 11.5, 53.5, and 114 million years ago (MYA) based on synonymous substitution rates (Ks). The T2T assembly enabled the reconstruction of the fatty acid metabolic pathway, identifying 49 related genes, including six newly annotated ones. Furthermore, genomic colocalization was observed between fatty acid metabolism pathway-related genes and transposable elements, suggesting that functional differentiation of these genes in flax evolution may have occurred through transposon-mediated duplication events. Phylogenetic analysis of SAD and FAD gene families revealed that FAD genes segregate into FAD2 and FAD3/7/8 subfamilies. Gene structure and motif analyses demonstrated conserved exon–intron architectures and motif organization within each phylogenetic clade of SAD and FAD genes. Promoter region characterization identified numerous cis-acting elements responsive to phytohormones (MeJA and abscisic acid) and abiotic stresses (low temperature and anaerobic induction) in both SAD and FAD genes. Our knowledge of the evolution of the flax genome is improved by this excellent genome assembly, which also offers a strong basis for enhancing agricultural attributes and speeding up molecular breeding.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».