Dissecting Autophagy Gene Expression in Endothelial Cells of Pulmonary Arterial Hypertension at Single-Cell Resolution
Notice bibliographique
Résumé
Background: Endothelial cell (EC) dysfunction is one of the pathogeneses of pulmonary arterial hypertension (PAH); autophagy is an important conserved mechanism for maintaining cellular homeostasis. However, to date, transcriptional signatures of autophagy-related genes during PAH are not well characterized. Methods: We analyzed the single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data and revealed the relationship between autophagy and PAH in EC from the perspective of differential expression, transcriptional signature typing, comparative analysis, pseudo-temporal changes of autophagy genes, and high dimensional weighted gene co-expression network analysis (hdWGCNA) networks of autophagy genes. Moreover, we established an in vitro PAH model and verified the expression signatures of candidate autophagy-related genes by western blotting. Student’s t-test was used to detect data differences. Results: Single-cell data showed that ECs had three different subgroups, namely Endo-Nor (normal state), Endo-Mid (transition state), and Endo-PAH (PAH disease group). Functional enrichment analysis of differentially expressed genes between Endo-PAH and Endo-Nor showed that autophagy and phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-AKT signaling pathways were abnormal. Pseudo-temporal trajectory analysis showed that eight autophagy-related genes were involved in regulating PAH progression. Furthermore, the hdWGCNA network revealed six autophagy-related PAH progression genes. By comprehensively comparing different analysis methods, we identified Ddit4 as an autophagy-related PAH biomarker. Western blot observed that DDIT4 protein was significantly upregulated (P < 0.01) in the PAH model. Conclusion: This study dissected the expression signature of autophagy genes in PAH at single-cell resolution and identified DDIT4 as a potential biomarker.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».