Chromatin loops are an ancestral hallmark of the animal regulatory genome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In bilaterian animals, gene regulation is shaped by a combination of linear and spatial regulatory information. Regulatory elements along the genome are integrated into gene regulatory landscapes through chromatin compartmentalization 1,2 , insulation of neighbouring genomic regions 3,4 and chromatin looping that brings together distal cis -regulatory sequences 5 . However, the evolution of these regulatory features is unknown because the three-dimensional genome architecture of most animal lineages remains unexplored 6,7 . To trace the evolutionary origins of animal genome regulation, here we characterized the physical organization of the genome in non-bilaterian animals (sponges, ctenophores, placozoans and cnidarians) 8,9 and their closest unicellular relatives (ichthyosporeans, filastereans and choanoflagellates) 10 by combining high-resolution chromosome conformation capture 11,12 with epigenomic marks and gene expression data. Our comparative analysis showed that chromatin looping is a conserved feature of genome architecture in ctenophores, placozoans and cnidarians. These sequence-determined distal contacts involve both promoter–enhancer and promoter–promoter interactions. By contrast, chromatin loops are absent in the unicellular relatives of animals. Our findings indicate that spatial genome regulation emerged early in animal evolution. This evolutionary innovation introduced regulatory complexity, ultimately facilitating the diversification of animal developmental programmes and cell type repertoires.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».