Longitudinal and cross-sectional sampling and whole genome sequencing of <i>Campylobacter</i> in a chicken abattoir reveal highly dynamic population structure
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Campylobacter is a leading cause of human gastroenteritis worldwide and is commonly identified in poultry products. Current knowledge of its dissemination patterns in poultry production largely relies on the less sensitive traditional genotyping methods. In this study, whole-genome sequencing was applied to 324 Campylobacter isolates sampled from a chicken abattoir in the Greater Vancouver area throughout 2020. Core genome multi-locus sequence typing analysis revealed a highly diverse and dynamic Campylobacter population containing 27 distinct lineages. A wide range of plasmids was characterized, and a high prevalence of antibiotic resistance was observed among these isolates. Distinct subpopulations were identified in 10 lineages, suggesting that some Campylobacter populations may have diversified within the local agricultural environment. Some lineages were frequently reintroduced to the abattoir, suggesting the potential presence of hidden Campylobacter reservoirs upstream of slaughter. Comparisons between biological and environmental samples suggest a high probability of between-batch cross-contamination. Locally sourced public Campylobacter isolates showed strong genomic correlations with the lineages identified in this study. Notably, lineages 1629a and 1629b were identified to have persisted within the local poultry production ecosystem for several years, explaining their recurrent detection. In conclusion, this study enhances our understanding of Campylobacter population dynamics in the chicken abattoir environment, providing insights for controlling this foodborne pathogen in poultry production systems. IMPORTANCE Using whole-genome sequencing, this study revealed a highly diverse and dynamic Campylobacter population within the chicken abattoir. The high prevalence of antibiotic resistance marked the critical need for surveillance in this region. The findings highlighted the likely existence of a hidden common source of Campylobacter upstream in the poultry production chain, which significantly contributes to the repeated introduction of the same lineages into the abattoir. Given the frequent reintroductions, the current understanding of Campylobacter persistence in the abattoir environment (up to 21 days) may require revision. Additionally, batch-to-batch dissemination of Campylobacter strains during processing is highly possible. A robust geographic association was also observed between the Campylobacter population in the abattoir and the local community. In sum, this study provides insights into the dynamics of Campylobacter contamination in the poultry production chain, offering guidance for improving prevention and control strategies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».