Phylogenetic Dissection Provides Insights into the Incongruity in the Tree of Archaeplastida Between the Analyses of Nucleus- and Plastid-Encoded Proteins
Notice bibliographique
Résumé
Archaeplastida is defined as a taxonomic assemblage comprising three sub-clades, namely Chloroplastida, Glaucophyta, and Rhodophyta plus two non-photosynthetic lineages sister to Rhodophyta (the latter three lineages collectively termed “Rhodozoa” here). The members of Archaeplastida are the descendants of the eukaryote that took up and transformed a cyanobacterial endosymbiont into a primary plastid. Recent phylogenetic analyses of multiple proteins (phylogenomic analyses) stably recovered the monophyly of Archaeplastida, but uncertainty remains in the relationship among the three sub-clades in this assemblage. The phylogenomic analyses of nucleus-encoded proteins (nuc-proteins) grouped Chloroplastida and Glaucophyta together, excluding Rhodozoa in the Archaeplastida clade, albeit the union of Chloroplastida and Rhodophyta was often inferred from the phylogenomic analyses of plastid-encoded proteins (pld-proteins). In this study, we challenged the previously recognized but as-yet-explicitly addressed issue in the tree of Archaeplastida (ToA). The detailed analyses of the nuc-protein and pld-protein supermatrices revealed that taxon sampling can invoke different types of phylogenetic artifacts into the inferences from both supermatrices examined here. In the end, we propose a working hypothesis for the ToA and provide future perspectives toward resolving the ToA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».