Phylogenetic Dissection Provides Insights into the Incongruity in the Tree of Archaeplastida Between the Analyses of Nucleus- and Plastid-Encoded Proteins
Notice bibliographique
Résumé
Archaeplastida is defined as a taxonomic assemblage comprising three sub-clades, namely Chloroplastida, Glaucophyta, and Rhodophyta plus two non-photosynthetic lineages sister to Rhodophyta (the latter three lineages collectively termed “Rhodozoa” here). The members of Archaeplastida are the descendants of the eukaryote that took up and transformed a cyanobacterial endosymbiont into a primary plastid. Recent phylogenetic analyses of multiple proteins (phylogenomic analyses) stably recovered the monophyly of Archaeplastida, but uncertainty remains in the relationship among the three sub-clades in this assemblage. The phylogenomic analyses of nucleus-encoded proteins (nuc-proteins) grouped Chloroplastida and Glaucophyta together, excluding Rhodozoa in the Archaeplastida clade, albeit the union of Chloroplastida and Rhodophyta was often inferred from the phylogenomic analyses of plastid-encoded proteins (pld-proteins). In this study, we challenged the previously recognized but as-yet-explicitly addressed issue in the tree of Archaeplastida (ToA). The detailed analyses of the nuc-protein and pld-protein supermatrices revealed that taxon sampling can invoke different types of phylogenetic artifacts into the inferences from both supermatrices examined here. In the end, we propose a working hypothesis for the ToA and provide future perspectives toward resolving the ToA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».