Phylogenetic Analysis of the S Gene of Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) in Zhejiang Province, China (2019-2024)
Notice bibliographique
Résumé
To understand the genetic variation trend of the S gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) epidemic strains in various regions of Zhejiang Province, this study collected pig diarrhea samples from different pig farms in Zhejiang Province from 2019 to 2024. The positive samples were identified by fluorescence quantitative RT-PCR, and the S gene was cloned, sequenced, and sequenced for comparative analysis. The results showed that among the 49 epidemic strains obtained, 6 were from the GI group and 43 were from the GII group, including 26 from the GIIb subgroup, 12 from the GIIc subgroup, and 5 from the GIIa subgroup. The nucleotide sequence similarity and amino acid similarity between the S gene sequences of 49 strains of PEDV are 93.2-100% and 84.2-99.9%, respectively. The nucleotide sequence similarity and amino acid similarity with the reference strain are 90.8-100% and 82.4-99.9%, respectively. Compared with the representative vaccine strain CV777 of GIa subgroup and the representative strain AJ1102 of GIIb subgroup, the S gene of 49 strains all have amino acid insertions and deletions. Analysis of N-glycosylation sites showed that 18 strains had 28 N-glycosylation sites, 9 strains had 27 N-glycosylation sites, 13 strains had 29 N-glycosylation sites like the CV777 vaccine strain, 5 prevalent strains had 22 N-glycosylation sites, and 4 strains had 26 N-glycosylation sites. The above results indicate that most of the current PEDV epidemic strains belong to the GII group, which has significant differences in genotype compared to classical strains. This study provides a reference for the prevention and control of porcine epidemic diarrhea in Zhejiang Province and the development of vaccines. Similarity were 90.8-100% and 82.4-99.9%, respectively. N-glycosylation site analysis showed that 18 strains had 28 N-glycosylation sites, 9 strains had 27 N-glycosylation sites, 13 strains had 29 N-glycosylation sites like CV777 vaccine strain, 5 epidemic strains had 22 N-glycosylation sites, and 4 strains had 26 N-glycosylation sites. The above results showed that most of the current circulating strains of PEDV were GII group, which were quite different from the GI group of classic strains, which provided a reference for the epidemic prevention and control of porcine epidemic diarrhea and the development of vaccines in Zhejiang Province.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».