Bacteriophage-driven DNA inversions shape bacterial functionality and long-term co-existence in <i>Bacteroides fragilis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial genomic DNA inversions, which govern molecular phase-variations, provide the bacteria with functional plasticity and phenotypic diversity. These targeted rearrangements enable bacteria to respond to environmental challenges, such as bacteriophage predation, evading immune detection or gut colonization. This study investigated the short- and long-term effects of the lytic phage Barc2635 on the functional plasticity of Bacteroides fragilis, a gut commensal. Germ-free mice were colonized with B. fragilis and exposed to Barc2635 to identify genomic alterations driving phenotypic changes. Phage exposure triggered dynamic and prolonged bacterial responses, including significant shifts in phase-variable regions (PVRs), particularly in promoter orientations of polysaccharide biosynthesis loci. These shifts coincided with increased entropy in PVR inversion ratios, reflecting heightened genomic variability. In contrast, B. fragilis in control mice exhibited stable genomic configurations after gut adaptation. The phase-variable Type 1 restriction-modification system, which affects broad gene expression patterns, showed variability in both groups. However, phage-exposed bacteria displayed more restrained variability, suggesting phage-derived selection pressures. Our findings reveal that B. fragilis employs DNA inversions to adapt rapidly to phage exposure and colonization, highlighting a potential mechanism by which genomic variability contributes to its response to phage. This study demonstrates gut bacterial genomic and phenotypic plasticity upon exposure to the mammalian host and to bacteriophages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».