Genetics of Childhood‐Onset Systemic Lupus Erythematosus
Notice bibliographique
Résumé
Objective Genome‐wide association studies (GWAS) have identified >100 loci for systemic lupus erythematosus (SLE). These loci may also affect age at diagnosis. We aimed to identify genetic variants for age at SLE diagnosis and to complete a GWAS of childhood‐onset SLE (cSLE) in children diagnosed <18 years of age. Methods Patients met American College of Rheumatology and/or Systemic Lupus Erythematosus International Collaborative Clinics classification criteria, had documented age at diagnosis, and were genotyped on multiethnic arrays. Ungenotyped single nucleotide polymorphisms (SNPs) and HLA alleles were imputed to multiethnic referents. Ancestry was genetically inferred. We tested known SLE loci (142 non‐HLA, 166 HLA) with log‐transformed age of SLE diagnosis, adjusted for sex and five principal components (significance threshold P < 1.6 × 10 −4 ). We also completed a GWAS of 346 patients with cSLE and 4,080 children and adolescents without SLE of European and East Asian ancestry (genome‐wide significance P < 5 × 10 −8 ). Results We included 1,489 patients with SLE, 51% of patients had cSLE, 88% of patients were female, 39% of patients were of European ancestry, 19% of patients were of East Asian ancestry, and 17% of patients were of Admixed ancestry. The median age at diagnosis was 17.7 years (interquartile range 14.0–30.9). One SLE‐risk SNP, intronic to coiled‐coil domain containing 113 ( CCDC113 ) (chromosome 16), was associated with younger age at SLE diagnosis (β = −0.12, SE = 0.03, P = 6.3 × 10 −6 ) and with cSLE versus adult‐onset SLE (aSLE). GWAS of cSLE compared to controls without SLE identified significant chromosome 6 SNP rs9268469, intronic to TSBP1‐AS1 (odds ratio 2.04 [95% confidence interval 1.59–2.63], P = 1.79 × 10 −8 ) and HLA‐DQA1 . Conclusion We identified a significant locus for younger age at SLE diagnosis, intronic to CCDC113 , among a large multiancestral cohort of children and adults with SLE. In the first GWAS of cSLE, we identified a TSBP1‐AS1 locus and an HLA‐DQA1 previously identified for aSLE.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».