Genome-Wide Methylation Sequencing to Identify DNA Methylation Markers for Early-stage Hepatocellular Carcinoma in Liver and Blood
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Hepatocellular carcinoma (HCC) is associated with a poor 5-year survival mainly due to detection at late stages. Better non-invasive surveillance methods are needed to improve early detection and maximize survival. We performed a strict assessment of DNA methylation markers (DMMs) for HCC detection. METHODS: A total of 385 samples from liver tissues and blood were analyzed. Genome-wide Methylated DNA sequencing (MeD-seq) was initially performed on 46 liver tissues, followed by the validation using quantitative methylation-specific PCR (qMSP) on 175 liver tissues. The selected DMMs with and without ASAP/GAAD score were further evaluated in 180 blood samples. Additionally, MeD-seq was performed to validate the results on blood. RESULTS: MeD-seq revealed a substantial number of differentially methylated regions (DMRs) in HCC tissues compared to non-HCC controls. By qMSP, the top 5 DMMs demonstrated strong performance in distinguishing cirrhotic HCC from cirrhosis controls in tissue (AUC 0.842 to 0.957). However, evaluation of these DMMs in blood showed lower performance in early HCC detection compared to cirrhosis in both the training (sensitivity 26.7-43.3%, 81.3% specificity) and validation cohorts (sensitivity 16.2-43.2%, 85.7% specificity). The addition of DMMs to the ASAP/GAAD score only provided an additional 5.4% sensitivity in the validation cohort compared to the ASAP/GAAD score alone. These findings were confirmed using MeD-seq analysis in blood samples, which revealed no detectable DMRs between cirrhotic HCC and cirrhosis controls. Interestingly, DNA methylation patterns in blood of healthy individuals differed strongly from both groups (cirrhosis and cirrhotic HCC). CONCLUSION: DNA methylation patterns in liver tissue were distinctly different between HCC and controls. In blood, DMMs contributed minimally to early-stage HCC detection compared to cirrhosis, whether used alone or in combination with the ASAP/GAAD score. It is likely that high baseline DNA methylation related to cirrhosis and possibly the low input of tumor-related DNA impacts the use of DMMs in early HCC detection in blood.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».