← Retour à la cohorte
BioTIME 2.0: Expanding and Improving a Database of Biodiversity Time Series
María Dornelas, Laura H. Antão, Amanda E. Bates, Viviana Brambilla, Jonathan M. Chase, Cher F. Y. Chow, Ada Fontrodona‐Eslava, Anne E. Magurran, Inês S. Martins, Faye Moyes, Alban Sagouis, Samuel Adu‐Acheampong, Daniel Acquah‐Lamptey, Dušan Adam, Penelope Ajani, Aitor Albaina, Pablo Almaraz, Jeong‐Seop An, Roger Sigismund Anderson, Madelaine Anderson, Alexsander Zamorano Antunes, Iván Arismendi, Linda Armbrecht, Pedro Aros‐Mardones, K. A. Sreejith, Narayanan Ayyappan, Gal Badihi, Joseph J. Bailey, Andrew H. Baird, Mark E. Baird, V. B. Sreekumar, José António Lemos Barão-Nóbrega, Adi Barash, Miguel Barbosa, Jos Barlow, Claus Bässler, Matthieu Beaumont, Natalie Beenaerts, Tiago Octavio Begot, Wallace Beiroz, Ricardo Beldade, David M. Bell, Alecia Bellgrove, Jonathan Belmaker, Lisandro Benedetti‐Cecchi, Cassandra E. Benkwitt, Pamela Medina‐van Berkum, Brandon T. Bestelmeyer, Matthew G. Betts, Maxwell Kelvin Billah, Anne D. Bjorkman, Magdalena Błażewicz, Christopher P. Bloch, Shane A. Blowes, Antonio Bode, Juliano A. Bogoni, Thomas Bolger, Timothy C. Bonebrake, Erik Bonsdorff, Roberta Bottarin, Luke N. Brokensha, Rob W. Brooker, Andrew J. Brooks, Helge Bruelheide, Thiago Almeida Bueno, Claire Laguionie, Mariana Lopes Campagnoli, James Cant, Érica Pellegrini Caramaschi, Alexandre Caron, Tadhg Carroll, Tancredi Caruso, Juan D. Carvajal‐Quintero, Giuseppe Castaldelli, Edward Castañeda‐Moya, Pedro Volkmer de Castilho, Sônia Zanini Cechin, Shahar Chaikin, U. M. Chandrashekara, Tory J. Chase, Chaolun Allen Chen, Jorge José Cherem, Sei‐Woong Choi, Erica M. Christensen, Alexander V. Christianini, Jackson W. F. Chu, Peter Coad, Carl Van Colen, Lise Comte, Elisabeth J. Cooper, Johannes H. C. Cornelissen, E. Cosson, Unai Cotano, Luc Crèvecoeur, Shannan K. Crow, Graeme S. Cumming, Vanessa S. Daga, Gabriella Damasceno, Gergana N. Daskalova, Claire H. Davies, Robert A. Davis, Frank P. Day, Sussy De‐La‐Zerda, Amy E. Deacon, Indradatta deCastro‐Arrazola, S. Degraer, Kharran Deonarinesingh, Juan C. Díaz‐Ricaurte, Chris R. Dickman, Tara Dirilgen, Ciarán J. Dolan, J. Emmett Duffy, Timothy E. Dunn, Giselda Durigan, Ciara Dwyer, Stevan Earl, Dor Edelist, Graham J. Edgar, Sally Edmondson, Ashley K. Elgin, Kari E. Ellingsen, Sarah C. Elmendorf, Ruth Eriksen, S. K. Morgan Ernest, Rubén Escribano, Paula Cabral Eterovick, Brian Evans, Jason D. Everett, Vesela Evtimova, Dan A. Exton, Andrew Fairbairn, Felipe Moreli Fantacini, Fabiano Turini Farah, Fábio Z. Farneda, Mario E. Favila, Philippe Fernandez‐Fournier, Braulio Fernández‐Zapata, Diogo F. Ferreira, Carola Ferronato, Christopher R. du Feu, Alessandra Fidélis, David A. Fifield, Vilmar Picinatto Filho, Walter Mesquita Filho, Robert N. L. Fitt, Carlos A. H. Flechtmann, William R. Fraser, Lídia Freixas, John M. Fryxell, Garrett J. Fundakowski, Scott S. Gabara, Elise Gallois, Mariana García Criado, Emili García‐Berthou, Joaquim Garrabou, Andrew R. Gates, Roberto Cazzolla Gatti, Anna Gavioli, Tal Gavriel, Benoît Gendreau-Berthiaume, Xingli Giam, Carina Gjerdrum, Michael Glemnitz, Jasmin A. Godbold, Daniel Gómez‐Gras, Rodrigo Barbosa Gonçalves, Andy Goold, Richard R. Gordon, Menachem Goren, Fernando Vilas Boas Goulart, William A. Gould, Meagan M. Grabowski, Nicholas A. J. Graham, Maurício Eduardo Graipel, Laura J. Grange, Aaron C. Greenville, Gary D. Grossman, Valeria A. Guinder, Peter Haase, Gary N. Haskins, Kris M. Havstad, Luise Hermanutz, Michael J. H. Hickford, Pamela Hidalgo, Pedro Higuchi, Andrew S. Hoey, Gert Van Hoey, Annika Hofgaard, Kristen T. Holeck, Robert D. Hollister, Richard T. Holmes, Mia O. Hoogenboom, Joaquín Hortal, Tammy Horton, Chih‐hao Hsieh, Christine L. Huffard, Ida‐Maria Huikkonen, Allen H. Hurlbert, Julian D. Hynes, Pascal Irz, Natália Macedo Ivanauskas, Akemi Iwayama, Darren K. James, Ute Jandt, Anna Jażdżewska, Merlijn Jocqué, S. Johnston, Samuel E. I. Jones, Faith A. M. Jones, Julia Jones, Edīte Juceviča, Uģis Kagainis, Maiko Kagami, Jungwon Kang, Xuejia Ke, Erin Keeley, Rebecca Kinnear, Kari Klanderud, Uwe Klinck, Roel van Klink, Stefan Klotz, C. Knockaert, Halvor Knutsen, Matti Koivula, Alessandra Kortz, Peter Kriegel, Chao‐Yang Kuo, David J. Kushner, Rosina Kyerematen, Raphaël Lagarde, Lesley T. Lancaster, Ori Frid, Wouter Van Landuyt, Eric R. Larson, Mai Lazarus, Cheol Min Lee, Jonathan S. Lefcheck, Jonas J. Lembrechts, Renato A. Ferreira de Lima, Romullo Guimarães de Sá Ferreira Lima, Nathália G. S. Lima, Cristina Linares, Sandra C. Lindstrom, Francisco Lloret, John D. Lloyd, Cleonice Maria Cardoso Lobato, David M. Lodge, Peter R. Long, Celeste López‐Abbate, Adrià López‐Baucells, Júlio Louzada, Maite Louzao, Antonella Lugliè, Micheli Ribeiro Luiz, S. Ellen Macdonald, Joshua S. Madin, André Lincoln Barroso Magalhães, Rajindra Mahabir, David Maphisa, Thomas E. Martin, Marcio Roberto Martins, Patrick T. Martone, Silvia Matesanz, Shin‐ichiro S. Matsuzaki, Thomas J. Matthews, Iain Matthews, Connie J. Maxwell, Kent P. McFarland, Brian J. McGill, Diane M. McKnight, Mike McWilliam, Jason Meador, Henning Meesenburg, Kristin Meier, Viesturs Melecis, Peter L. Meserve, Christoph F. J. Meyer, Anders Michelsen, Natali Oliva Roman Miiller, Marco Milardi, N. A. Milchakova, Robert J. Miller, Jonathan Millett, Tom Moens, Luciano Fogaça de Assis Montag, J. Moore, Jörg Müller, Akhil Murali, Shauna A. Murray, Isla H. Myers‐Smith, Randall W. Myster, Masahiro Nakamura, Sasi Nayar, Francis Neat, James A. Nelson, Michael Nelson, Boris P. Nikolov, Rym Nouioua, Collins Ayine Nsor, Michael O′Connor, Edward Adzesiwor Obodai, Amy Marie Offland, Romà Ogaya, Hisako OGURA, Thomas A. Okey, Julian D. Olden, Luiz Gustavo Rodrigues Oliveira‐Santos, Jeffrey C. Oliver, Esben Moland Olsen, V. G. Onipchenko, Daniel Oró, Dāvis Ozoliņš, Krzysztof Pabis, Bachisio Mario Padedda, Facundo X. Palacio, Alain Paquette, Sinta Trilestari Pardede, David M. Paterson, Sarah A. Pausina, Raphaël Pélissier, Steven C. Pennings, Josep Peñuelas, Felipe Walter Pereira, Nivaldo Peroni, Sergio Picó, Francesca Pilotto, Hudson T. Pinheiro, Oscar Pizarro, Roberto Pizzolotto, Francesco Pomati, Paulo dos Santos Pompeu, Dominique Ponton, Eric Post, Nicolas Poulet, Juha Pöyry, Steven J. Presley, H.H.T. Prins, Pieter Provoost, Kathleen L. Prudic, Vignesh Punjayil, Petr Pyšek, Pascal Querner, Juan P. Quimbayo, Indar W. Ramnarine, Daniel C. Reed, Peter B. Reich, Suzanne M. Remillard, Cerren Richards, Anthony J. Richardson, Itai van Rijn, Víctor H. Rivera‐Monroy, Christian Rixen, Kevin P. Robinson, Ricardo Rocha, Ricardo Ribeiro Rodrigues, Cassy Anne Rodrigues, Denise de Cerqueira Rossa‐Feres, Loreta Rosselli, Peter C. Rothlisberg, Ana Rubio, Lars G. Rudstam, Catalina S. Ruz, Nancy B. Rybicki, Gunther Van Ryckegem, Andrew L. Rypel, Jon P. Sadler, Victor S. Saito, Sofia Sal, Renato Portela Salomão, Nathan J. Sanders, Flavio Antônio Maës dos Santos, Tiágo Gomes dos Santos, Swapan Kumar Sarker, Sara E. Scanga, Marcus Schaub, Jochen Schmidt, Inger Kappel Schmidt, Robert L. Schooley, Alfred Schultz, Alberto Scotti, Amanda Serpell‐Stevens, Filipe C. Serrano, Elizabeth H. Shadwick, Matthew Shaft, Thomas W. Sherry, Erika Mayumi Shimabukuro, Jacek Siciński, Caya Sievers, Fernando Rodrigues da Silva, Ana Carolina da Silva, Juliana M. Silveira, Tadeu Siqueira, Arunkumar Kavidapadinjattathil Sivadasan, Prasad Theruvil Parambil Sivan, Agnija Skuja, Jasper A. Slingsby, Joseph R. Smith, Bruno Eleres Soares, Martin Solan, Flaviana Maluf Souza, Gabriel Barros Gonçalves de Souza, Joshua Sprague, Ulrich Stachow, J. John Stadt, Christopher D. Stallings, Radoslav Stanchev, Emily H. Stanley, Brian M. Starzomski, José Mauro Sterza, Maarten Stevens, F. Gary Stiles, Stefan Stoll, Rick D. Stuart‐Smith, Yzél Rondon Súarez, Laura Super, Sarah R. Supp, Tapio Sutela, Iain M. Suthers, Anna Suuronen, Kerrie M. Swadling, Daniel K. Szydlowski, Hisatomo Taki, Pablo A. Tedesco, Nils Teichert, Akira Terui, Gary P. Thiede, Anne Thimonier, Oliver Thomas, Peter A. Thompson, Simon Thorn, Jeremy S. Tiemann, Luı́s Felipe Toledo, Anne Tolvanen, Maria Teresa Zugliani Toniato, Ignasi Torre, Marcos Adriano Tortato, Kumiko Totsu, Andrew J. Trant, Robert R. Twilley, Hirokazu Urabe, Pierre Valade, Nelson Valdivia, Martha Isabel Vallejo, Thomas J. Valone, Jan Vanaverbeke, T. Vasconcelos, Teppo Vehanen, Fábio Venturoli, Hans M. Verheye, H.J.W. Vermeulen, Arne Verstraeten, Marcelo Vianna, Rui P. Vieira, João Paulo dos Santos Vieira‐Alencar, Marc Vilella, Jean Ricardo Simões Vitule, Vũ Văn Liên, Robert B. Waide, Paige S. Warren, Joseph P. Wayman, Sara L. Webb, Benjamin Weigel, Ellen A. R. Welti, Fritha West, Fulgor Westermann, Matthew A. Whalen, Ethan P. White, Claire E. Widdicombe, Richard Williams, Mark Williamson, Michael R. Willig, Sonja Wipf, Eric J. Woehler, Alje Woldering, Kerry D. Woods, Wubing Xu, Ruth Yahel, Z. Yang, Kyle Zawada, Camila Zornosa‐Torres, Assaf Zvuloni
Notice bibliographique
RevueGlobal Ecology and Biogeography · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueSpecies Distribution and Climate Change
Établissements canadiensAlberta Ministry of Agriculture and ForestryUniversity of ReginaUniversité du Québec à MontréalUniversity of AlbertaUniversity of WaterlooMemorial University of NewfoundlandUniversity of GuelphSimon Fraser UniversityYukon Department of EnvironmentDalhousie UniversityUniversity of British ColumbiaFisheries and Oceans CanadaEnvironment and Climate Change CanadaUniversité du Québec en OutaouaisGDG EnvironnementWestern UniversityUniversité de SherbrookeUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesFondo de Financiamiento de Centros de Investigación en Áreas PrioritariasPacific Northwest Research StationInstituut voor Landbouw-, Visserij- en Voedingsonderzoek, Vlaamse OverheidSchool of Life and Environmental Sciences, Deakin UniversityInstituto Español de OceanografíaAgencia Estatal de InvestigaciónAustralian Antarctic DivisionFundação para a Ciência e a TecnologiaAustralian Research CouncilNatural Environment Research CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCornell Atkinson Center for Sustainability, Cornell UniversityDavid R. Atkinson Center for a Sustainable Future , Cornell UniversityHorizon 2020 Framework ProgrammeU.S. Forest ServiceUniversidad de Ciencias Aplicadas y AmbientalesOffice Français de la BiodiversitéOperation WallaceaAgencia Nacional de Investigación y DesarrolloDeutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung Halle-Jena-LeipzigInstituto Milenio de OceanografíaMinisterio del Ambiente, Agua y Transición EcológicaProvincia autonoma di Bolzano - Alto AdigeUniversidad de CádizUniversidade Estadual PaulistaDeakin UniversityUniversidade Federal do ParanáHakai InstituteÅbo AkademiUniversità di PisaHelmholtz-Zentrum für UmweltforschungStiftelsen för Åbo AkademiNærings- og FiskeridepartementetDeutscher Akademischer AustauschdienstHokkaido UniversityDirectorate for Biological SciencesGöteborgs UniversitetH2020 European Research CouncilUniversidade de São PauloJapan Society for the Promotion of ScienceCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível SuperiorUniversity of GhanaGeneralitat de CatalunyaMinisterio de Ciencia e InnovaciónPetrobrasHORIZON EUROPE Marie Sklodowska-Curie ActionsFlorida Fish and Wildlife Conservation CommissionUniversity of Hong KongNational Research Foundation of KoreaKerala State Council for Science, Technology and EnvironmentEuskal Herriko UnibertsitateaSuomen KulttuurirahastoPontificia Universidad Católica de ChileGovernment of the United KingdomCanada Excellence Research Chairs, Government of CanadaAustralian Marine Sciences AssociationUniversidade Federal da ParaíbaMarine National FacilityUniversidad Nacional de ColombiaFondation BertarelliAcademy of FinlandUniversiteit HasseltJames Cook UniversityCentro de Ciências do MarDeutsche ForschungsgemeinschaftAgricultural Research ServiceConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoUniversidade Federal de Santa CatarinaGordon and Betty Moore FoundationMacquarie UniversityBotanical Society of Britain and IrelandCommonwealth Scientific and Industrial Research OrganisationUtah Agricultural Experiment StationUniversity of TasmaniaRoyal SocietyFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloEuropean CommissionLeverhulme TrustFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas GeraisBridgewater State UniversityUniversity of St AndrewsEuropean Regional Development FundMinistry of EnvironmentEuropean Synchrotron Radiation FacilityAkademie Věd České RepublikyMinistry of Agriculture, Forestry and FisheriesNational Geographic SocietyFisheries Society of the British IslesUniversidade do Estado de Mato GrossoFundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de JaneiroBiodiversa+College of Science and Engineering, University of MinnesotaAgence Nationale de la RechercheNational Oceanic and Atmospheric AdministrationNorges ForskningsrådDivision of Environmental BiologyVlaamse regeringAustralian GovernmentNational Science and Technology CouncilUniwersytet ŁódzkiHelsingin YliopistoInternational Institute of Tropical ForestryNatural EnglandUniversidade de LisboaNational Institute of Food and AgricultureU.S. Fish and Wildlife ServiceLinnean Society of NSWNorthern Illinois UniversityNational Park ServiceEarthwatch InstituteJames Hutton InstituteAnglia Ruskin UniversityUniversity College DublinWildlife Conservation SocietyNational Aeronautics and Space AdministrationFonds Wetenschappelijk OnderzoekUniversité de SherbrookeOregon State UniversityFundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do SulNew Mexico State UniversityNational Research FoundationMcKnight FoundationGrantová Agentura České RepublikyUniversidade de AveiroAustralian Biological Resources StudyTel Aviv UniversityPew Charitable TrustsUniversity of Technology SydneyNational Institute of EcologyEnvironmental Studies Research FundsBelgian Federal Science Policy OfficeNational Science FoundationU.S. Department of AgricultureAcademia SinicaDivision of Graduate EducationArcticNetSmithsonian Institution
Mots-clésBiodiversitySeries (stratigraphy)GeographyEcologyDatabaseEnvironmental resource managementEnvironmental scienceBiologyComputer sciencePaleontology
Résumé
ABSTRACT Motivation Here, we make available a second version of the BioTIME database, which compiles records of abundance estimates for species in sample events of ecological assemblages through time. The updated version expands version 1.0 of the database by doubling the number of studies and includes substantial additional curation to the taxonomic accuracy of the records, as well as the metadata. Moreover, we now provide an R package (BioTIMEr) to facilitate use of the database. Main Types of Variables Included The database is composed of one main data table containing the abundance records and 11 metadata tables. The data are organised in a hierarchy of scales where 11,989,233 records are nested in 1,603,067 sample events, from 553,253 sampling locations, which are nested in 708 studies. A study is defined as a sampling methodology applied to an assemblage for a minimum of 2 years. Spatial Location and Grain Sampling locations in BioTIME are distributed across the planet, including marine, terrestrial and freshwater realms. Spatial grain size and extent vary across studies depending on sampling methodology. We recommend gridding of sampling locations into areas of consistent size. Time Period and Grain The earliest time series in BioTIME start in 1874, and the most recent records are from 2023. Temporal grain and duration vary across studies. We recommend doing sample‐level rarefaction to ensure consistent sampling effort through time before calculating any diversity metric. Major Taxa and Level of Measurement The database includes any eukaryotic taxa, with a combined total of 56,400 taxa. Software Format csv and. SQL.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,012
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,070
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,090
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,070 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,013 | 0,014 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,027 | 0,019 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations18
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui