A common garden comparison of the microbiome and gene expression of intertidally- and subtidally-cultured Pacific oysters (Crassostrea gigas) in relation to extreme warming events
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In order to investigate how shellfish culture in the intertidal zone may serve as a means of conferring resilience prior to subtidal deployment for commercial grow-out, a common garden experiment was carried out with juvenile Pacific oysters. Individuals were cultured under intertidal or subtidal conditions for one year, following which intertidal animals were transplanted to the subtidal site and both treatment groups were cultured together under subtidal conditions for a period of five months. During that time, microbiome and gene expression were tracked in relation to a marine heatwave event. Multivariate analyses of samples indicated a significant effect of time on gene expression, but no significant effect of culture treatment prior to and during the heatwave. Significant differences in the expression of oxidative stress and immune response genes in post-heatwave samples in comparison to pre-heatwave and heatwave samples, and between culture treatment groups post-heatwave, were detected. Results also indicated significant differences in microbiome according to culture treatment and timepoint, with increased richness observed in intertidally-cultured oysters and over time. Similarly, while the overall composition of the oyster microbiome did not vary between culture treatments, changes were observed over time. At the end of the field trial, a laboratory-based temperature and Vibrio challenge experiment was conducted to compare genomic responses of both culture treatment groups following 24-h exposure to coinciding acute warming and pathogen stressor conditions. A significant interactive effect of temperature and culture treatment on gene expression was observed, further suggesting that stress response may be influenced by prior culture treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».