Incidence and attributes of chimeric COI and 18S sequences derived from nematode-infected arthropods
Notice bibliographique
Résumé
Abstract High-throughput sequencing is speeding the discovery of new species and making it possible to quantify the species richness of bulk samples. However, chimeric sequences can lead to both type I errors (true species mistakenly rejected) and type II errors (chimeras incorrectly viewed as valid species). This study employed nanopore sequencing to examine the incidence and nature of chimeric sequences recovered from 531 arthropod specimens infected with nematodes. Specifically, it examined chimera formation in two gene regions: the 658 bp segment of mitochondrial COI employed as the barcode region for the animal kingdom, and a 900 bp segment of nuclear 18S often employed to discriminate lineages of nematodes. This work revealed chimeras for both gene regions despite the deep sequence divergences between members of these two phyla. However, the incidence of chimeric molecules was higher for 18S than COI, with chimera formation correlating with local variation in DNA stability and conserved regions between parent sequences. Aside from demonstrating that chimeras can arise from distantly related organisms, this study provides insights into the mechanisms underlying their formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».