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Enregistrement W4410486079 · doi:10.1186/s13059-025-03580-z

Urbanization and genetic homogenization in the medieval Low Countries revealed through a ten-century paleogenomic study of the city of Sint-Truiden

2025· article· en· W4410486079 sur OpenAlexaff
Owyn Beneker, Ludovica Molinaro, Meriam Guellil, Stefania Sasso, Helja Kabral, Biancamaria Bonucci, Noah Gaens, Eugenia D’Atanasio, Massimo Mezzavilla, Hélios Delbrassine, Linde Braet, Bart Lambert, Pieterjan Deckers, Simone Andrea Biagini, Ruoyun Hui, Sara Becelaere, Jan Geypen, Maxim Hoebreckx, Birgit Berk, Petra Driesen, April Pijpelink, Philip Van Damme, Sofie Vanhoutte, Natasja De Winter, Lehti Saag, Luca Pagani, Kristiina Tambets, Christiana L. Scheib, Maarten Larmuseau, Toomas Kivisild

Notice bibliographique

RevueGenome biology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueForensic and Genetic Research
Établissements canadiensCanadian Historical Association
Organismes subventionnairesVlaamse regeringKU LeuvenHaridus- ja TeadusministeeriumTartu ÜlikoolFonds Wetenschappelijk OnderzoekEuropean Research CouncilEesti TeadusagentuurAustrian Science FundMinisterstvo Školství, Mládeže a TělovýchovyVlaams Supercomputer Centrum
Mots-clésPopulationDemographic historyPandemicPlague (disease)Human migrationBiologyUrbanizationCline (biology)MicroevolutionGene poolMiddle AgesDemographyGeographyEvolutionary biologyGenetic diversityInfectious disease (medical specialty)Coronavirus disease 2019 (COVID-19)EcologyArchaeologyDiseaseSociology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Processes shaping the formation of the present-day population structure in highly urbanized Northern Europe are still poorly understood. Gaps remain in our understanding of when and how currently observable regional differences emerged and what impact city growth, migration, and disease pandemics during and after the Middle Ages had on these processes. RESULTS: We perform low-coverage sequencing of the genomes of 338 individuals spanning the eighth to the eighteenth centuries in the city of Sint-Truiden in Flanders, in the northern part of Belgium. The early/high medieval Sint-Truiden population was more heterogeneous, having received migrants from Scotland or Ireland, and displayed less genetic relatedness than observed today between individuals in present-day Flanders. We find differences in gene variants associated with high vitamin D blood levels between individuals with Gaulish or Germanic ancestry. Although we find evidence of a Yersinia pestis infection in 5 of the 58 late medieval burials, we were unable to detect a major population-scale impact of the second plague pandemic on genetic diversity or on the elevated differentiation of immunity genes. CONCLUSIONS: This study reveals that the genetic homogenization process in a medieval city population in the Low Countries was protracted for centuries. Over time, the Sint-Truiden population became more similar to the current population of the surrounding Limburg province, likely as a result of reduced long-distance migration after the high medieval period, and the continuous process of local admixture of Germanic and Gaulish ancestries which formed the genetic cline observable today in the Low Countries.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,214
Score d'incertitude au seuil0,262

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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