The Sea Cucumber‐Infecting Parasite <i>Apostichocystis gudetama</i> gen. nov. sp. nov. Expands Marine‐Host‐Specific Clade of Apicomplexans
Notice bibliographique
Résumé
Unknown ellipsoid bodies, later classified as apicomplexan cysts, are prevalent in the ovaries of Japanese sea cucumbers (Apostichopus japonicus), where they can lead to lower fecundity in infected individuals and adverse effects on wild populations as well as aquaculture efforts for this endangered species. Apicomplexans are widespread and essential to marine environments, where they can affect the health and fitness of host populations. We performed genomic sequencing of recovered cysts to gain more ecological and evolutionary information on this parasite. We recovered this apicomplexan's complete nuclear ribosomal RNA (rrn) operon, the entire mitochondrial genome, and a partial apicoplast (relic chloroplast) genome. The rrn operon phylogeny revealed this parasite as being closely related to coccidian-like parasites of marine fish (ichthyocolids) and cnidarians (corallicolids), while organelle phylogenomics hint at a closer relation to the protococcidian Eleutheroschizon. Using this new phylogenetic context and previous morphological descriptions, we describe this parasite as Apostichocystis gudetama gen. nov. sp. nov. Mining available microbiomes reveal the presence of Apostichocystis spp. beyond its host range, alluding to other potential hosts or cryptic, closely related lineages. Its phylogenetic placement has important implications concerning the evolution of parasitism within Apicomplexa and the divergence of a marine-host-specific clade of coccidian-like parasites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».