DOES SLEDAI-2K REFLECT THE INTERFERON-ALPHA GENE SIGNATURE IN SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS? PRELIMINARY RESULTS FROM A COHORT
Notice bibliographique
Résumé
PV103 / #629 Poster Topic: AS12 - Genetics, Epigenetics, Transcriptomics Background/Purpose Interferon pathways studies have highlighted the role of type I interferons, especially interferon-alpha (IFN-α), in driving inflammatory pathways in systemic lupus erythematosus (SLE). Elevated levels of IFN-α are often associated with disease severity and IFN-regulated gene expression have been described as correlated with lupus disease activity, including more severe manifestations. We aimed to verify the association and correlation between IFN-α genes signature and disease activity in SLE patients in a cohort of northeast region of Brazil. Methods In this cross-sectional observational study, we evaluated patients aged 18 years or older at the Rheumatology unit of Professor Alberto Antunes University Hospital – Federal University of Alagoas, Brazil, who fulfilled 2019 EULAR/ACR criteria for SLE, attended clinical follow-up outpatient visits and provided written consent to participate. We measured disease activity using SLEDAI-2K. Blood samples were obtained from patients on the same day of clinical evaluation. Isolation of mononuclear cells (PBMC) and RNA extraction were performed, followed by cDNA synthesis. The expression of the IFI27, IFI44L, IFIT1, ISG15, RSAD2, and SIGLEC1 genes was performed via real-time PCR, using the reference genes RPLP0 and EEF1A1 for normalization. The median of the normalized relative quantity (NRQ) of the genes of each patient was used to calculate the fold change (FC) of the “Interferon Score.” Statistical analysis was performed with GraphPad Prism® 8.0, using the Mann-Whitney test for group comparisons and the Spearman test for correlation analysis. Results The group sample consisted of 32 SLE patients (female = 94%; mean age = 38.47 (IQR = 7)). At time of assessment, median SLEDAI-2K was 5.5 (IQR = 19). Of these patients, 65.6% (21/32) had active disease (76.19% with moderate or severe disease activity) and 9 patients had nephritis (42.8%). We verified no statistical differences in expression levels of IFN-a gene signature in SLE patients with active disease (FC= 1,48 ±1,33; p=0,3415) and nephritis (FC= 1,60 ±1,38; p=0,2448). We also did not find a correlation between SLEDAI-2K total score and expression levels of Interferon-alpha (r = -0.02848; p>0.05). Conclusions No statistically significant association or correlation was observed between the SLEDAI-2K and IFN-α gene signature. However, the small sample size is a limitation of this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».