Mutation rate estimate and population genomic analysis reveals decline of koalas prior to human arrival
Notice bibliographique
Résumé
The koala (Phascolarctos cinereus), an iconic Australian marsupial, has experienced substantial historical and contemporary population declines. Identifying the drivers of these declines has been hindered by limited genomic data and uncertainty regarding the koala mutation rate. Here, we report a direct estimate of the koala mutation rate, based on genome sequences of four parent-offspring trios, yielding a mean of 6.12 × 10-9 mutations per base pair per generation (95% confidence interval: 5.03 to 7.45 × 10-9). Using this estimate of the mutation rate, we reconstructed the demographic history of koalas using 457 whole-genome sequences sampled across their entire range. Our results refine the estimated timing of past changes in population size, suggesting a large decline beginning ∼100 kya, before the arrival of humans in Australia. The koala population then split into five genetic populations 6 to 30 kya, which are now distributed along the east coast of Australia. We also use our estimate of the mutation rate to infer recombination maps for each koala population, confirming lower recombination rates in marsupials than in eutherian mammals. Using these estimates of population-specific recombination rates, we inferred the timing of recent population declines for koalas across all eastern states. These findings provide critical insights into the evolutionary history of koalas, while highlighting the impacts of using species-specific estimates of evolutionary rates on the inference of demographic histories. Our estimates of the genome-wide mutation rate and population-specific recombination maps for koalas provide valuable resources for future evolutionary and conservation analyses of marsupials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».