Solving a century-old conundrum: genetic integrity of a rare and local endemic shrub facing introgression with a widespread congener
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Hybridization is a key driver of evolutionary processes and speciation. Advances in sequencing technology provide unprecedented opportunity to study discriminating phenotypic characters at the molecular level and identify candidate loci associated with the speciation process. Salix chlorolepis is a rare and threatened endemic shrub species restricted to the upper slopes of Mount Albert (Canada) proposed to hybridize with S. brachycarpa, a locally abundant geographically widespread congener. We aimed to characterize rangewide genetic variation of S. chlorolepis, establish whether it actually hybridizes with S. brachycarpa, and assess whether leaf pilosity is an indicative variable phenotypic trait related to introgressive hybridization. Using single nucleotide polymorphism data, we inferred patterns of genetic structure and diversity. We tested for genetic associations with environmental distance, taxonomic identity, or phenotypic variability in leaf hair density using populations genomics approaches at the multilocus (partial Mantel tests and generalized dissimilarity models) and single-locus (latent factor mixed model, pRDA, PCAdapt, OutFLANK) levels. Although a common genetic ancestry persists within S. chlorolepis, fine-scale spatial genetic structure reflects its fragmented distribution. Interspecific genetic admixture in sympatry zones corroborates the existence of introgressive hybridization. Leaf pilosity is an important variable explaining multilocus genotype variation between the two taxa. We flagged nine candidate loci that are both strongly associated with leaf pilosity phenotype and with divergent selection between taxa. The existence of such loci ‘impermeable’ to introgression ensures maintenance of interspecific barrier and clear phenotypic differentiation between species. Such genomic heterogeneity alleviates assimilation risk of the rare and threatened species by its more abundant congener despite ongoing introgression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,008 |
| Communication savante | 0,003 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».