Meta-analysis revealed HLA susceptibility markers in ANCA-associated vasculitis and its clinical subtypes
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: ANCA-associated vasculitis (AAV) is a group of systemic autoimmune diseases affecting small blood-vessels. Class-II human leukocyte antigen (HLA) genes are often reported as major genetic determinants. We conducted a systematic review and meta-analysis to evaluate the susceptibility conferred by HLA genes to AAV and five of its clinical subtypes [PR3+AAV, MPO+AAV, granulomatosis with polyangiitis (GPA), microscopic polyangiitis (MPA) and eosinophilic granulomatosis with polyangiitis (EGPA)]. METHODS: Relevant articles published March 2024 or previously were retrieved from electronic databases using appropriate keywords. Eligible studies were included according to inclusion/exclusion criteria. Funnel plots, the Newcastle-Ottawa Scale and GRADE tools were used to evaluate the quality of the evidence and the research findings. Statistical analyses were performed using RevMan 5.4.1. The meta-odds ratio and the Z test P-value were considered to check the HLA associations. RESULTS: This meta-analysis of associations between HLA alleles and AAV and its subtypes identified 30 significant associations, of which 17 withstood Bonferroni corrections. rs9277554-C from HLA-DPB1 [meta-analysis overall odds ratio (Meta-OR) = 3.92 (3.27-4.69)], rs1049072-A from HLA-DQB1 [Meta-OR = 1.39 (1.27-1.52)] and rs9277341-C from HLA-DPA1 [Meta-OR = 0.41 (0.03-0.57)] were found to be significantly associated (P < 0.00001) with AAV and GPA, respectively. HLA-DRB1*09:01 was found to be significantly associated with (P < 0.00001) (i.e. a predisposing allele for) AAV [Meta-OR = 1.72 (1.46-2.03)], MPO+AAV [Meta-OR = 1.65 (1.41-1.93)] and MPA [Meta-OR = 1.75 (1.41-2.19)]. Significant association (P ≤ 0.0005) was also observed between HLA-DPB1*01:01 and AAV [Meta-OR = 0.38 (0.24-0.62)] and between HLA-DRB1*11:01 and MPA [Meta-OR = 2.11 (1.39-3.20)]. Sensitivity analysis identified additional significant (P ≤ 0.001) alleles HLA-DPB1*04:01 and HLA-DPB1*02:01 predisposing patients to AAV and to more than one subtype of AAV. CONCLUSION: Multiple alleles of HLA-DRB1 and HLA-DPB1 were found to be associated with predisposition to AAV and its subtypes. Predisposition to AAV, PR3+AAV and GPA was found to be associated with HLA-DPB1*04:01, and protection against AAV, PR3+AAV and GPA was found to be associated with HLA-DPB1*02:01. Predisposition to AAV, MPO+AAV and MPA was found to be associated with HLA-DRB1*09:01.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,029 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,011 | 0,054 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».