Crystal structure and mutagenesis of a nucleic acid–binding BRCT domain in human PARP4
Notice bibliographique
Résumé
PARP4 is an ADP-ribosyltransferase typically associated with the cytoplasmic vault organelle. PARP4 has a distinct domain composition relative to other PARP enzymes; however, the N-terminal region of PARP4 is homologous to a collection of domains found in PARP1, a regulator of multiple nuclear processes including the cellular response to DNA damage. The N-terminal region of PARP4 interacts in vitro with nucleic acid, in particular a noncoding RNA associated with vault particles, and a BRCT domain is implicated in this interaction. Here, we report the X-ray structure of the BRCT domain of PARP4 and structure-based mutagenesis that interrogates the nucleic acid-binding activity using vault RNA. The isolated BRCT domain is capable of mediating interaction with vault RNA, and we identified four BRCT mutants that disrupt vault RNA interaction to varying degrees. X-ray structures of the BRCT mutants indicate that perturbations to an electropositive region of the BRCT surface underlie the loss of nucleic acid binding. Comparison to other nucleic acid-binding BRCT domains highlights distinct features of the PARP4 BRCT structure. The study presents the experimental structure of the PARP4 BRCT domain, establishes this domain as nucleic acid-binding module, and provides PARP4 BRCT mutants that can be used to investigate PARP4 cellular functions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».