Genome-Wide Association Study Identified One Major Quantitative Trait Locus Associated with Resistance to <i>Fusarium proliferatum</i> in Soybean ( <i>Glycine max</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium root rot is a yield-limiting disease of soybean ( Glycine max L.) in the United States and Canada (Ontario). Among the species of Fusarium causing root rot, F. proliferatum is a virulent pathogen. Sources of resistance to F. proliferatum have been identified; however, additional screening of soybean accessions is necessary to identify quantitative trait loci (QTLs) associated with resistance to F. proliferatum. The objective of this study was to evaluate 268 soybean accessions obtained from the USDA Germplasm Collection belonging to maturity groups 000 to IX for resistance to a single isolate of F. proliferatum under greenhouse conditions. Additionally, the study sought to identify QTLs, single-nucleotide polymorphism (SNP) markers, and candidate genes associated with the F. proliferatum resistance through a genome-wide association study (GWAS). The experiment was conducted in a completely randomized design using a layer inoculation method and repeated once. The root rot severity was assessed 21 days postinoculation and expressed as the relative treatment effect (RTE). Fifty-two accessions had a significantly lower RTE compared with the susceptible variety ‘Williams 82’ (ATS = 37.03; df = 7.30; P = 2.47 × 10⁻⁵⁴). GWAS analysis using 36,071 SNP markers identified one major QTL on chromosome 11 that explained 30.95% of the phenotype variance, three strongly associated SNP markers, and three candidate genes that could be involved in resistance to F. proliferatum. This study identified soybean accessions with resistance to F. proliferatum, along with novel SNP markers, which could significantly enhance breeding programs aimed at developing cultivars with resistance to Fusarium root rot. [Formula: see text] Copyright © 2025 The Author(s). This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».