Modified Bis-pyrimidine Clamps for Triplex Formation and Their Use in SARS-CoV-2 Detection
Notice bibliographique
Résumé
The formation of nucleic acid triple helices ("triplexes") is an area of great interest due to their potential role in the natural and artificial regulation of gene expression or for use in analytical, diagnostic, or synthetic methods. During the coronavirus pandemic, a large search for novel methods for the detection of SARS-CoV-2 was undertaken. Based on triplex affinity capture and using polypurine reverse-Hoogsteen hairpins, a method known as Triplex Enhanced Nucleic Acid Detection Assay (TENADA) was developed for the rapid detection of SARS-CoV-2 without the need for polymerase chain reaction (PCR) amplification. In this work, to expand the targeting scope of this method, we explored triplex-forming bis-pyrimidine clamps targeting a polypurine sequence in the ORF1a region of SARS-CoV-2. To enhance parallel triplex stability, 2'-sugar and 5-methylpyrimidine modifications were incorporated into both strands of the clamps, and their effect on the triplexes formed was assessed via NMR and other biophysical methods. The results revealed distinct stabilizing effects of the modifications, influenced by their size, sugar puckering, and capacity to form short contacts with neighboring residues. The dual ability of clamps to simultaneously form Watson-Crick and Hoogsteen hydrogen bonds offers a novel perspective on the effect of modifications on triplex stability, previously unexplored with triplex-forming oligonucleotides (TFOs). Finally, the bis-pyrimidine clamps that formed the most stable parallel triplexes were applied in a thermal lateral flow (TLF) sensing device, demonstrating their potential as biosensing probes. These clamps effectively detected the synthetic DNA target with limits of detection (LoDs) ranging from 0.05 to 0.001 nM. Understanding the best modification strategies and their impact on the triplex structure will advance the development of clamps as biosensing and therapeutic agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».