Metaproteomics reveals age-specific alterations of gut microbiome in hamsters with SARS-CoV-2 infection
Notice bibliographique
Résumé
The gut microbiome's pivotal role in health and disease is well established. SARS-CoV-2 infection often causes gastrointestinal symptoms and is associated with changes of the microbiome in both human and animal studies. While hamsters serve as important animal models for coronavirus research, there exists a notable void in the functional characterization of their microbiomes with metaproteomics. In this study, we present a workflow for analyzing the hamster gut microbiome, including a metagenomics-derived hamster gut microbial protein database and a data-independent acquisition metaproteomics method. Using this workflow, we identified 32,419 protein groups from the fecal microbiomes of young and old hamsters infected with SARS-CoV-2. We showed age-specific changes in the expressions of microbiome functions and host proteins associated with microbiomes, providing further functional insight into the interactions between the microbiome and host in SARS-CoV-2 infection. Altogether, this study established and demonstrated the capability of metaproteomics for the study of hamster microbiomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».