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Enregistrement W4410709105 · doi:10.1038/s41467-025-59768-1

Impact of unequal testing on vaccine effectiveness estimates across two study designs: a simulation study

2025· article· en· W4410709105 sur OpenAlexafffund
Korryn Bodner, Linwei Wang, Rafal Kustra, Jeffrey C. Kwong, Beate Sander, Hind Sbihi, Michael A. Irvine, Sharmistha Mishra

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensSimon Fraser UniversityBC Centre for Disease ControlPublic Health OntarioUniversity of British ColumbiaUniversity Health NetworkUniversity of TorontoSt. Michael's Hospital
Organismes subventionnairesDepartment of Family and Community Medicine, University of TorontoNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchAlliance de recherche numérique du CanadaUniversity of TorontoGovernment of CanadaMinistry of Colleges and UniversitiesInnovation, Science and Economic Development Canada
Mots-clésComputer scienceComputational biologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Observational studies are essential for measuring vaccine effectiveness. Recent research has raised concerns about how a relationship between testing and vaccination may affect estimates of vaccine effectiveness against symptomatic infection (symptomatic VE). Using an agent-based network model and SARS-CoV-2 as an example, we investigated how differences in the likelihood of testing by vaccination could influence estimates of symptomatic VE across two common study designs: retrospective cohort and test-negative designs. First, we measured the influence of unequal testing on symptomatic VE estimates across study designs and sampling periods. Next, we investigated whether the magnitude of bias in VE estimates from unequal testing was shaped by immune escape (vaccine efficacy against susceptibility and against infectiousness) and underlying epidemic potential (probability of transmission). We found that unequal testing led to larger bias in the cohort design than the test-negative design and that bias was largest with lower efficacy against susceptibility. We also found the magnitude of bias was moderated by the study’s selected sampling period, efficacy against infectiousness, and probability of transmission, with these moderating effects more pronounced in the test-negative design. Our study illustrates that VE estimates across study designs require careful interpretation, especially in the presence of epidemic and immunological heterogeneity. Estimates of effectiveness of SARS-CoV-2 vaccines against symptomatic infection from observational studies may be biased if testing rates differ according to vaccination status. Here, the authors use simulations to quantify the impact of this testing bias in retrospective cohort and test-negative study designs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,200
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,348
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,800
Score d'incertitude au seuil0,987

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,2000,348
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,008
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0030,003
Intégrité de la recherche0,0030,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,131
Tête enseignante GPT0,543
Écart entre enseignants0,412 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
DomaineMéthodes
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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