Hemorrhagic septicemia in the United States: molecular characterization of isolates and comparison to a global collection
Notice bibliographique
Résumé
Hemorrhagic septicemia–causing strains of Pasteurella multocida are endemic in Asia and Africa, but naturally occurring hemorrhagic septicemia has not been described in livestock in the United States since 1993. There are 5 capsular types of P. multocida : A, B, D, E, and F. Two capsular types (B, E) cause hemorrhagic septicemia, whereas capsular types A and, to a lesser extent, D are associated with enzootic bovine pneumonia. Here we describe 2 naturally occurring cases of hemorrhagic septicemia caused by P. multocida capsular type B:3,4 in the United States, including molecular characterization of these strains, with a comparison to available reference strains and publicly available genomes of P. multocida capsular type B. Genomic analyses demonstrated that our case strains are similar to a strain isolated from New Jersey cattle in 1968 and to contemporaneous strains from New Zealand and Canada. These strains are different from those circulating globally, as demonstrated by the need to assign new sequence types for our isolates. Hemorrhagic septicemia appears to be re-emerging globally in countries that have not seen outbreaks in decades and may be poised for re-emergence in the United States given the identification of these novel strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».