Uncovering dendritic cell specific biomarkers for diagnosis and prognosis of cardiomyopathy using single cell RNA sequencing and comprehensive bioinformatics analysis
Notice bibliographique
Résumé
Cardiomyopathy is a type of cardiovascular disorder that is a primary cause of death globally, killing millions of people each year. Cardiomyopathy detection and early diagnosis are crucial in reducing negative health effects. Thus, this study aims to use single cell RNA sequencing, and bioinformatics analysis to uncover dendritic cell-specific biomarkers, gene ontology, pathways, regulatory interaction networks, and protein-chemical compounds related to the molecular mechanism of cardiomyopathy progression. Two RNAseq datasets GSE65446 and GSE155495 also were evaluated to identify significant biomarkers in cardiomyopathy, and 123 mutual DEGs appeared between scRNAseq and RNAseq datasets. In addition, the DAVID online platform and FunRich software were utilized to detect cell communication in innate immune responses, type 1 IFN, antigen processing and presentation, allograft rejection and viral infection significant gene ontology and metabolic pathways in cardiomyopathy. The protein-protein interaction (PPI) network revealed five key hub proteins (ITGAX, IRF7, MX1, HLA-B, and IRF1). Following that, several transcription factors (GATA2, FOXC1, SREBF1, STAT3, and NFKB1) as well as microRNA (hsa-mir-26a-5p, hsa-mir-129-2-3p, etc.) were predicted. Prospective chemical substances such as tretinoin, valproic acid, and arsenic trioxide have been predicted to be linked to cardiomyopathy treatment. The acceptable value of receiver operating characteristic (ROC) curve analysis revealed that biomarkers play critical roles in cardiomyopathy. This study identifies molecular indicators at the RNA and protein levels that may be useful in improving understanding of molecular causes, early diagnosis, and devising favorable cardiomyopathy treatment. More research will be needed to validate our predicted findings as future clinical biomarkers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».