Exploring criteria for constructing suprageneric classifications of fungi in the genomic era: a case study of suborders Agaricineae, Pluteineae, and Tricholomatineae (Agaricales)
Notice bibliographique
Résumé
The burgeoning accumulation of genomic data in recent years has revolutionized our understanding of fungal phylogenies and classifications. However, the genomic era also brings new challenges, as phylogenetic incongruences make the appearance of monophyly in some phylogenetic trees questionable. Existing criteria for constructing taxonomic systems, such as diagnostic characters and divergence time, become insufficient to address this challenge. Through order-level analyses of genomic data of the Subkingdom Dikarya within the Kingdom Fungi , we introduce the extended quadripartition internode certainty (EQP-IC) value as a novel criterion for constructing high-level fungal classifications, with a recommended threshold of 0.1 for each taxonomic rank. Suprageneric taxa with an EQP-IC value exceeding 0.1 exhibit reduced topological variation, suggesting a stronger correspondence with natural taxonomic category. This new criterion was also put into practice to investigate the derived suborders of mushroom-forming Agaricales , including three suborders, Agaricineae , Pluteineae , and Tricholomatineae (APT), that had been long-standing problems in phylogenetic analyses. In total, 142 genomes, including 64 newly generated ones, were utilized to reconstruct the phylogenetic relationships and delve into the phylogenetic incongruencies and evolutionary histories of APT. Our data suggested widespread and high-level incomplete lineage sorting (ILS) and introgression/hybridization (IH) present among suborders within the APT. Therefore, a dichotomous phylogenetic tree may not reflect the real relationships among the clades within the APT. Instead, their natural relationships may be reticulate. Three newly named suborders, Amanitineae , Macrocystidiineae , and Omphalinineae are added to the clade including APT. The new combination Baisuzhenia humphreyi , new genus Baisuzhenia , new family Baisuzheniaceae , and new suborder Baisuzheniineae are proposed to accommodate Stereopsis humphreyi , which shows an independent, but close relationship, with the clade formed by the six above-mentioned derived suborders of Agaricales .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».