Genomic Analysis Suggests That Mitonuclear Coevolution Proceeds Over Rapid Timescales in the Amazonian <i>Pipra</i> Manakin Complex
Notice bibliographique
Résumé
Mitonuclear coevolution is defined as reciprocal selection between the nuclear and mitochondrial genomes and is necessary to maintain compatibility between nuclear- and mitochondrially-encoded products that interact during mitochondrial processes including mitochondrial genome replication, transcription and translation and oxidative phosphorylation. Theory predicts that mitonuclear coevolution may play a crucial role in the early phases of speciation by generating strong genetic incompatibilities between recently diverged taxa that have evolved unique mitochondrial-mitonuclear haplotypes. However, the timescale over which mitonuclear coevolution proceeds remains unclear, making it difficult to definitively link this process with early speciation. Here, we test for expected genomic signals of mitonuclear coevolution across the Amazonian Pipra manakin complex, which includes recently and more deeply diverged avian lineages. Using dN/dS ratio analyses, we compared signals of positive selection in mitonuclear gene categories and functionally equivalent nuclear gene categories that do not participate in mitonuclear coevolution for each pair of Pipra lineages separately and for all the lineages simultaneously. For the ribosomal protein and aminoacyl tRNA synthetase (AARS) gene categories, we identified genomic patterns consistent with stronger positive selection in mitonuclear versus nuclear genes, which is suggestive of mitonuclear coevolution having occurred across the Pipra complex. Significantly, we determined that expected genomic signals of mitonuclear coevolution could be identified between lineages that diverged as recently as 0.35-0.4 MYA. This time span is in keeping with the initial stages of avian speciation and suggests that mitonuclear coevolution may operate on a timescale that would allow it to play an important role during early speciation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».