Integrated molecular characterization of pediatric soft tissue sarcomas: A report from the COG and CCDI molecular characterization initiative.
Notice bibliographique
Résumé
10025 Background: The Molecular Characterization Initiative (MCI), a partnership between the Children’s Oncology Group (COG) and the NCI’s Childhood Cancer Data Initiative (CCDI), provides standardized genomic profiling of tumors and germline for subjects with newly diagnosed pediatric soft tissue sarcomas (STS). Here, we report on STS patients <25 years enrolled in MCI from July 2022 to July 2023. Methods: MCI enrollment was offered to COG institutions through APEC14B1 (Project: EveryChild), enabling patient consent, collection of clinical data, and submission of tissue/blood samples. Bio-pathology Center centrally managed sample processing, quality control, and nucleotide extraction, while molecular assays were performed at Nationwide Children’s Hospital’s Institute for Genomic Medicine. Whole-exome sequencing (WES) of tumor/normal, DNA methylation arrays and RNA fusion analysis were conducted in a CLIA-certified environment. Clinical reports, except methylation results, were returned to treating institutions within 21 days, and clinical, sequencing and methylation data were deposited in NCI’s Cancer Data Service. Results: In total, 226 rhabdomyosarcoma (RMS),158 non-rhabdomyosarcoma soft tissue sarcoma (NRSTS), and 36 non-malignant soft tissue tumors (21 desmoid tumors) from 129 institutions were enrolled. Of 172 RMS patients, 56 were fusion-positive (FP) (46 with FOXO1 fusion and 10 with fusions of other genes). WES of 179 RMS patients identified somatic mutations in 33 genes in 110 patients (61.4%). Most frequently mutated genes included FGFR4 [25/179,14%; FN (fusion-negative) RMS:21%, FP RMS:2%), TP53 (21/179,12%; FN RMS:15%, FP RMS: 7%), and NRAS (18/179, 10%; FN RMS:14%, FP RMS: 3%). Somatic copy number variants (CNVs) were detected in 164/179 (92%) of RMS patients. Germline variants were identified in 18 of 179 RMS (10%; FN RMS:15%, FP RMS: 2%); and most commonly germline altered genes included TP53 (4/179, 2%), APC (2/18, 1%), and ATM (2/179,1%). Among 158 NRSTS > 20 histologies were enrolled, most common being synovial sarcoma (n = 16, 8%). Of 49 patients with an initial diagnosis of undifferentiated sarcoma, round cell sarcoma, spindle cell sarcoma and sarcoma NOS, 32 underwent fusion testing, and 28 had WES: in 13 (40%) sequencing resulted in specific diagnosis [CIC::DUX4 in 5, BCOR::CCNB3 in 4, NTRK rearrangement in 2, SS18::SSX2 in 1 and EWSR1::ETV1 in 1], and 5 (15%) had rare fusions involving NUTM1 , NSD3 , EGFR and COL1A1 genes;16 exhibited somatic CNVs; 5(18%) had somatic mutations; and 2 (7%) carried germline variants in TP53 and RET genes. Overall, MCI results, as reported by institutions, facilitated clinical trial enrollment in 15%, receipt of targeted therapy outside trials in 17%, and diagnostic refinement in 25% of tested patients, respectively. Conclusions: CCDI’s MCI program provides comprehensive genomic profiling of pediatric and adolescent STS, uncovering distinct somatic genetic alterations, rare fusions, actionable genomic targets and germline variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».