A gene-panel blood test for the detection of colorectal adenomas and cancer.
Notice bibliographique
Résumé
e15728 Background: Colorectal cancer (CRC) is among the most treatable cancers, yet it remains the second leading cause of cancer deaths in men and third in women. Early detection of CRC precursors and early-stage CRC could significantly reduce mortality rates. The existing screening tests, including stool-based tests and the invasive colonoscopy with its challenging bowel preparation, often face low compliance. Therefore, a more convenient, accurate, and cost-effective screening test for CRC could greatly improve patient quality of life and most importantly, increase survival rates. The protein, N-myristoyltransferase-2 (NMT2), was discovered to be overexpressed in the peripheral blood mononuclear cells (PBMC) of CRC patients and individuals with adenomatous polyps (AP). In a proof of concept (POC) study, we demonstrated that an NMT2-based immunohistochemical (IHC) test is highly effective in detecting precancerous colorectal polyps and CRC with high sensitivity (91%) and specificity (81%) and surpasses other FDA approved tests, including the fecal immunochemical test (FIT), that has a sensitivity of 73%. A study involving a larger cohort would validate NMT2 as an effective biomarker that can be used for a commercial blood test to screen for adenomas and CRC and triage patients for colonoscopies. We are developing a quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR)-based blood test to analyze the expression pattern of the NMT2 gene, its paralog, NMT1, and upstream target MetAP2 in the PBMC of CRC or AP cases and subjects with no evidence of disease (NED). By comparing the results of the subjects' colonoscopy procedure to those of the qPCR and IHC tests, we aim to use NMT2 as a biomarker to discriminate between CRC, AP, and NED. Methods: qRT-PCR was used to validate endogenous control genes and analyze the expression pattern of NMT2, NMT1, and MetAP2 . DNA libraries were prepared for next-generation sequencing according to the manufacturer's protocol [Illumina] and sequencing was conducted at The Centre for Applied Genomics in Toronto, Ontario. Results: We assessed the expression stability of candidate genes in CRC, AP, and NED PBMC samples and validated two endogenous control genes, RPS17 and RPL37A , for a qRT-PCR-based screening assay, using robust statistical algorithms such as the geNorm and NormFinder tools. Upon validation, we assessed the relative expression of NMT2 , NMT1 , and MetAP2 across sample types and observed differential expression, which aligns with previous IHC results. In parallel, we used NGS to identify two novel synonymous mutations in NMT2 [ID:rs137889266] and NMT1 [ID:rs1132898] within the CRC samples, providing further insights into tumorigenic mechanisms. Conclusions: Our findings demonstrate that RPS17 and RPL37A are reliable control genes for qRT-PCR assays, the potential of NMT2 as a biomarker, and highlights the potential of NGS to uncover clinically relevant mutations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».