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Enregistrement W4410815810 · doi:10.1200/jco.2025.43.16_suppl.e15169

Patient-derived xenografts (PDX) versus patient-derived organoids (PDO) as predictors of clinical response to anti-cancer therapies.

2025· article· en· W4410815810 sur OpenAlexaffabout
Matthew Dankner, Joan Miguel Romero, Jamie Magrill, Nikita Kalashnikov, Michael Luo, Owen Chen, Aline Atallah, Anna-Maria Lazaratos, Sandrine Busque, Rong Ma, Daniel Mendelson, Liam Wilson, Shriya Deshmukh, Tarek Taifour, Mark Sorin, Jeremy Y. Levett, Yifan Wang, April A. N. Rose

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Oncology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Cells and Metastasis
Établissements canadiensJewish General HospitalUniversity of WindsorMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineOrganoidCancerInternal medicineOncologyCancer researchBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

e15169 Background: PDX and PDO are two of the most frequently applied avatar model systems used to predict treatment response to anti-cancer therapies. Despite their frequent use, and the significant financial and ethical costs associated with developing these models, there has never been a systematic assessment of their ability to predict matched-patient treatment response. We sought to define and compare the efficacy of PDX and PDO in predicting matched-patient response to treatment. Methods: We performed a systematic review and meta-analysis in accordance with PRISMA guidelines. MEDLINE and EMBASE were queried. Inclusion criteria: PDX or PDO derived from adult solid cancer patients treated with identical systemic anti-cancer agents as the matched patient, with response assessment performed for both patient and model. Fisher’s exact test and Kaplan-Meir estimator with log-rank test were used for statistical comparisons. A 6 criteria quality assessment method based on Newcastle-Ottawa scale was applied to patient-model pairs. Results: 21565 abstracts were screened. 274 were eligible for data extraction, with 411 patient-model pairs included (N = 267 PDX, N = 144 PDO). The most common cancer types were colorectal (N = 102, 25%) and ovarian cancers (N = 77, 19%). Most common treatment modalities were chemotherapy (244, 59%) and targeted therapy (122, 30%). 55% of models were responsive to therapy (N = 227). Overall concordance in treatment response between patient and matched models was 70%, with no difference between PDX and PDO ( Table ). No significant differences in sensitivity, specificity, positive- and negative predictive value (PPV and NVP) were observed (Table). 196 pairs (48%) and significantly more PDX had high quality data reporting (56% of PDX vs 33% of PDO, P < 0.001). Of pairs with high quality data reporting, PDX had higher sensitivity, while PDO had higher specificity ( Table ). Patients whose matched PDO responded to therapy had longer median progression-free survival (mPFS; responders: 11.3 vs non-responders: 3.4 months P < 0.01). For PDX this only remained true for high quality data pairs (mPFS; responders: 9.5 vs non-responders: 6 months P < 0.01). Conclusions: This is the first study to systematically assess the utility of PDX and PDO as patient avatars. Together, these results suggest that PDO generally perform similarly to PDX as predictors of matched-patient response despite a lower ethical and financial burden. Performance metrics for PDX and PDO as predictors of matched-patient treatment response. All PDX (N = 267) PDO (N = 144) P-Value Concordance (%) 71 69 0.9 Sensitivity (%) 87 85 0.81 Specificity (%) 58 60 0.69 PPV (%) 64 52 0.1 NPV (%) 84 89 0.37 High Quality Data PDX (N = 149) PDO (N = 47) P-Value Concordance (%) 72 81 0.57 Sensitivity (%) 95 73 <0.01 Specificity (%) 54 88 <0.01 PPV (%) 61 84 0.07 NPV (%) 94 79 0.07

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,031
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,060
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,031
Score d'incertitude au seuil0,164

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0310,060
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0100,022
Bibliométrie0,0040,005
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,094
Tête enseignante GPT0,473
Écart entre enseignants0,379 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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