Haplotype resolved chromosome-level genome assembly of the gold barb (Barbodes semifasciolatus)
Notice bibliographique
Résumé
The gold barb (Barbodes semifasciolatus), a member of the Cyprinidae family, exhibits remarkable adaptability to highly acidic environments, making it an ideal model for studying extreme environmental adaptation. However, its genome has not been previously characterized. To address this, we assembled a high-quality chromosome-scale genome for B. semifasciolatus using High-Fidelity (HiFi) sequencing and Hi-C technology. The resulting haplotype-resolved assemblies, spanning 776 Mb and 779 Mb across 25 chromosomes, achieved genome coverages of 99.5% and 99.7%, respectively, and included four gap-free chromosomes. Genome quality assessment using BUSCO indicated a high completeness score of 98.2% for haplotype1 and 98.3% for haplotype2, further validated by strong synteny with the zebrafish (Danio rerio), confirming the assembly's integrity and continuity. Through integration of full-length transcriptome data, RNA sequencing, and homology-based annotation, we identified 26,057 protein-coding genes with 2,087 pseudogenes in haplotype 2, and 25,622 protein-coding genes with 2,101 pseudogenes in haplotype 1. This high-resolution genome assembly is a crucial resource for advancing research in the Cyprinidae, particularly for understanding adaptive evolution in extreme environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».