Molecular dynamics simulations reveal the impact of Ser295 phosphorylation on the structure of pyrin domain-containing NOD-like receptor 3
Notice bibliographique
Résumé
jabbrv-ltwa-all.ldf jabbrv-ltwa-en.ldf The nucleotide-binding, leucine rich repeat, and pyrin-containing 3 (NLRP3) protein is regulated by phosphorylation of Ser295 in the NACHT domain. This post-translational modification is known to inhibit the enzymatic ATPase activity of NLRP3 and impede inflammasome complex assembly. In this study, modeled structures of unphosphorylated and pSer295-phosphorylated NLRP3-DPYD were subjected to molecular dynamics simulations. The outputs showed Ser295 phosphorylation to induce topologic distention of subdomains that comprise the NACHT domain. The relative orientation of important residues within the nucleotide-binding domain (NBD) were altered. Notable structural changes were observed for important residues within the Walker B motif that immediately follow pSer295. A favorable electrostatic environment was created for two residues (Lys232 and His522) that interact with ADP. Several other basic residues could establish favourable charge-charge interactions with the dianionic phosphate of pSer295. Arg296 and Glu343 underwent a functional change from negative/stabilizing to positive/destabilizing interaction upon phosphorylation of Ser295. Taken together, the results suggest that local structural transformations within the NBD could have consequences on the catalytic efficiency of the enzyme and suppress nucleotide turnover.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».