Chondrocyte maturation bridges two cross-inhibitory subnetworks of the skeletal cell gene regulatory network
Notice bibliographique
Résumé
The mechanisms by which crucial transcription factors of a gene regulatory network (GRN) interact continue to be revealed. In the vertebrate skeleton, SOX9 and RUNX2 combine to specify three different cell types. Sox9 drives immature chondrocyte differentiation, Runx2 regulates osteoblast differentiation, and both Sox9 and Runx2 are somehow required for mature chondrocyte formation. To elucidate mechanisms of GRN regulation in mature chondrocytes, transcriptomic data were examined from all three skeletal cell types isolated by laser capture microdissection of embryonic mouse. Multiple bioinformatic analyses supported the hypothesis that SOX9 and RUNX2 operate two cross-inhibitory subnetworks of the skeletal cell GRN during immature chondrocyte and osteoblast formation, but mature chondrocyte differentiation involves cooperation between these subnetworks. Several mature chondrocyte gene clusters had expression levels that represented an averaging of SOX9 and RUNX2 subnetworks, while one cluster, containing the hallmark mature chondrocyte genes collagen type 10a1 and Indian hedgehog, suggested a synergistic interaction between subnetworks. Generally, this in vivo LCM-RNA-seq approach enabled new understanding of interactions between distinct GRN subnetworks during cell differentiation and can similarly reveal regulatory control of any developmental process.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».