Multiomic Landscape of Extracellular Vesicles in Human Carotid Atherosclerotic Plaque Reveals Endothelial Communication Networks
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Carotid atherosclerosis is orchestrated by cell-cell communication that drives progression along a clinical continuum (asymptomatic to symptomatic). Extracellular vesicles (EVs) are cell-derived nanoparticles representing a new paradigm in cellular communication. Little is known about their biological cargo, cellular origin/destination, and functional roles in human atherosclerotic plaque. METHODS: EVs were enriched via size exclusion chromatography from human carotid endarterectomy samples dissected into paired plaque and marginal zones (symptomatic n=16, asymptomatic n=13). EV-cargos were assessed via whole transcriptome microRNA-sequencing and mass spectrometry-based proteomics. EV multiomics was integrated with bulk and single-cell RNA-sequencing datasets to predict EV cellular origin and ligand-receptor interactions, and multimodal biological network integration of EV-cargo was completed. EV functional impact was assessed with endothelial angiogenesis assays. RESULTS: Carotid plaques contained more EVs than adjacent marginal zones, with differential enrichment for EV-microRNAs and EV-proteins in key atherogenic pathways. EV cellular origin analysis suggested that tissue EV signatures originated from endothelial cells, smooth muscle cells, and immune cells. Integrated tissue vesiculomics and single-cell RNA-sequencing indicated complex EV-vascular cell communication that changed with disease progression and plaque vulnerability (ie, symptomatic disease). Plaques from symptomatic patients, but not asymptomatic patients, were characterized by increased involvement of endothelial pathways and more complex ligand-receptor interactions, relative to their marginal zones. Plaque EVs were predicted to mediate communication with endothelial cells. Pathway enrichment analysis delineated an endothelial signature with roles in angiogenesis and neovascularization, well-known indices of plaque instability. This was validated functionally, wherein human carotid symptomatic plaque EVs induced sprouting angiogenesis in comparison to their matched marginal zones. CONCLUSIONS: Our findings indicate that EVs may drive dynamic changes in plaques through EV-vascular cell communication and effector functions that typify vulnerability to rupture, precipitating symptomatic disease. The discovery of endothelial-directed angiogenic processes mediated by EVs creates new therapeutic avenues for atherosclerosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».