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Enregistrement W4410894113 · doi:10.1093/aob/mcaf088

Deep learning black box and pattern recognition analysis using Guided Grad-CAM for phytolith identification

2025· article· en· W4410894113 sur OpenAlexafffund
Iban Berganzo‐Besga, Héctor A. Orengo, Felipe Lumbreras, Monica N. Ramsey

Notice bibliographique

RevueAnnals of Botany · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSilicon Effects in Agriculture
Établissements canadiensCanadian Celiac AssociationAmgen (Canada)
Organismes subventionnairesNextGenerationEUAgencia Estatal de InvestigaciónEuropean Regional Development FundAlliance de recherche numérique du CanadaLeverhulme TrustMcDonald Institute for Archaeological ResearchCompute Canada
Mots-clésPhytolithIdentification (biology)Artificial intelligenceBiologyPattern recognition (psychology)AvenaComputer scienceBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND AND AIMS: In this article, visual explainers are applied to give transparency to the black box of a trained VGG19 model for the identification of multi-cell phytoliths of the Avena, Hordeum and Triticum genera. The aim is to demonstrate its proper learning by visually highlighting the phytolith characteristics that the deep learning model uses to classify these phytoliths; we then compare the model's methods with those employed manually by archaeobotanists. METHODS: The visual explainers used for this purpose are Grad-CAM, Guided Backpropagation and Guided Grad-CAM, the last being a combination of the previous two. This combined tool not only highlights the most relevant regions when classifying phytoliths on microscope images, but also emphasizes every detail within those areas. KEY RESULTS: The importance of the wave pattern as a decision-maker (key identifying characteristic) when classifying phytoliths has been demonstrated for 91 % of the microscope images. Similarly, the papillae have been a key in 86 % of Avena images, in 94 % when images included papillae, and the dendritic long-cell shape in 38 % of Triticum images. CONCLUSIONS: The analysis of the microscope images using Guided Grad-CAM has validated the established patterns in phytolith identification, such as highlighting the significance of the wave pattern. Additionally, it revealed that varying phytolith characteristics might be prominent for different genera and led to the discovery that dendritic long-cell shape, as an independent category, is also distinctive. This research is part of an effort to establish a set of computer vision best practices in computational archaeology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,842
Score d'incertitude au seuil0,185

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,060
Tête enseignante GPT0,315
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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